[发明专利]基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法

权利要求书

1.一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于DNA序列的确定是通过基于碱基修饰保护的“标记延伸-切割-保护延伸”测序步骤来实现的，具体测序步骤为：

a.向待测定DNA模板3′端引入一段20-50碱基长度的公用片段作为测序引物杂交序列，将与公用片段互补的3′端碱基修饰保护的测序引物与固定在固相载体上的待测定DNA模板杂交结合；

b.标记延伸：向步骤a)所得杂交后的测序DNA模板中，顺序加入或同时加入标记核苷酸单体，在测序引物上进行延伸反应，并根据延伸上的标记核苷酸单体得出待测定DNA模板在该次延伸中的碱基信息；

c.切割：将步骤b)中延伸上的标记核苷酸单体通过切割方法进行清除；

d.保护延伸：在经步骤c)处理后的测序引物序列上延伸与步骤c)中被切除碱基相同的的修饰保护核苷酸单体；

e.循环上述步骤b)、c)和d)所进行的“标记延伸-切割-保护延伸”过程，由此确定待测定DNA模板的序列。

2.根据权利要求1所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述的修饰保护核苷酸单体为使延伸上的单体不被切除的基团或者粒子的修饰保护的脱氧核糖核苷酸或双脱氧核糖核苷酸。

3.根据权利要求2所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述的修饰保护核苷酸单体为硫代或者碘代修饰保护的脱氧核糖核苷酸或双脱氧核糖核苷酸。

4.根据权利要求1所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述的标记核苷酸单体为核苷酸单体上标记上直接或间接检测到的基团或者粒子。

5.根据权利要求2所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述的标记核苷酸单体为核苷酸单体上标记着荧光分子、放射性同位素或者辣根过氧化物酶。

6.根据权利要求1所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述的标记核苷酸单体为标记脱氧核糖核苷酸或双脱氧核糖核苷酸。

7.根据权利要求1所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述的切割方法为酶外切法或者化学切割法。

8.根据权利要求7所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述切割方法为的利用核酸外切酶的酶外切法或利用氨水、氢氧化钠或过氧化氢的化学切割法。

9.根据权利要求1所述的一种基于碱基修饰保护往复延伸的DNA测序方法，其特征在于所述的根据延伸上的标记核苷酸单体得出待测定DNA模板在该次延伸中的碱基信息的方法为荧光检测、化学发光检测或者放射自显影检测。