[发明专利]通过干扰SR蛋白的结合以及干扰RNA二级结构调节前mRNA中的外显子识别

权利要求书

1.一种用于产生寡核苷酸的方法，包括确定外显子RNA中对于SR(丝氨酸-精氨酸)蛋白的(假定)结合位点，以及产生互补于所述RNA并至少部分重叠所述(假定)结合位点的寡核苷酸。

2.根据权利要求1所述的方法，还包含由所述RNA的二级结构确定与所述RNA(闭合结构)的其它部分杂交的区域以及在所述结构(打开结构)中不能杂交的区域，并且随后产生至少部分重叠所述(假定)结合位点并且重叠至少部分所述的闭合结构和重叠至少部分所述的打开结构的寡核苷酸。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述打开和闭合结构是彼此接近的。

4.根据权利要求1到3中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸互补于所述RNA的14到50个核苷酸之间的连续部分。

5.根据权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸包含RNA。

6.根据权利要求1到5中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸为2’-O-甲基RNA并且具有全长的硫代磷酸酯主链。

7.根据权利要求1到6中任一项所述的方法，其中包含所述外显子的前mRNA在受试者中表现出所不希望的剪接。

8.根据权利要求7所述的方法，其中由所述前mRNA产生的mRNA的所述外显子缺失产生一用于蛋白质的编码区域。

9.根据权利要求7或8所述的方法，其中包含被转录的所述外显子的所述RNA的基因，编码异常的杜氏型肌营养不良症基因(DMD)、胶原蛋白VIα1基因(COL6A1)、肌管性病变1基因(MTM1)、dysferlin基因(DYSF)、层粘连蛋白-α2基因(LAMA2)、埃-德肌营养不良症基因(EMD)和/或钙蛋白酶3基因(CAPN3)。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述基因为杜氏型肌营养不良症基因。

11.根据权利要求1到10中任一项所述的方法，其中所述SR蛋白为SF2/ASF或者SC35或者SRp40。

12.根据权利要求10或11所述的方法，其中所述外显子包含外显子8、46、48、52、54至56、58、60至63或者71至78。

13.一种根据权利要求1到12中任一项所述的方法可获得的寡核苷酸或其等同物。

14.一种包含表2所示序列的寡核苷酸或其等同物。

15.根据权利要求13或14所述的寡核苷酸或其等同物用于至少部分改变前mRNA中的外显子的识别的应用。

16.根据权利要求13或14所述的寡核苷酸或其等同物用于制备药物的应用。

17.一种包含根据权利要求13或14所述的寡核苷酸或其等同物的药物制剂。

18.根据权利要求13或14所述的寡核苷酸或其等同物在制备用于治疗遗传性疾病的药物中的应用。

19.根据权利要求13或14所述的寡核苷酸或其等同物用于诱导前mRNA中的外显子跳跃中的应用。

20.根据权利要求13或14所述的寡核苷酸或其等同物用于改变前mRNA中的外显子识别的应用。

21.一种用于改变通过剪接机制来识别前mRNA中的外显子的效率的方法，其中所述由基因编码的所述前mRNA包含至少两个外显子和至少一个内含子，所述方法包含提供包含所述剪接机制和所述基因以及根据权利要求13或14所述的第一寡核苷酸或其等同物的转录系统，其中所述第一寡核苷酸或其等同物能够与所述外显子中的至少一个进行杂交并且允许在所述转录系统中发生转录和剪接。

22.根据权利要求21所述的方法，其中所述基因包含至少3个外显子。

23.根据权利要求21或22所述的方法，进一步包含为所述转录系统提供至少一种根据权利要求13或14的第二寡核苷酸或其等同物，其中所述第二寡核苷酸或其等同物能够与至少另一个所述外显子杂交。

24.根据权利要求23所述的方法，其中所述第一寡核苷酸或其等同物和所述第二寡核苷酸或其等同物相互自然连接。