[发明专利]同时检测结核分枝杆菌复合体和鉴定其药物抗性的方法及所用材料

说明书

发明领域

本发明涉及分子生物学、微生物学、和医学，并且提供在区分性生物芯片上在临床样品中检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)复合体(结核分枝杆菌、牛分枝杆菌(M.bovis)、牛分枝杆菌BCG、非洲分枝杆菌(M.africanum)、和田鼠分枝杆菌(M.microti))并同时评价菌株对利福平和异烟肼的敏感性的方法。

发明背景

下面的方法通常用于检测产生药物抗性的突变：

I.单核苷酸多态性(SNP)；

Dubiley S.Kirillov E和A.Mirzabekov.1999.Polymorphismanalysis and gene detection by minisequencing on an array ofgel-immobilized primers.Nucleic Acids Research，Vol.27，No.18(e19).

Marth GT，Korf I，Yandell MD等人，1999.A general approach tosingle-nucleotide polymorphism discovery.Nat Genet.Dec；23(4)：452-456.

II.等位基因特异性PCR；

De los Monteras L.E.E.J.C.Galan，M.Gutierrez，S.Samper，J.F.G.Marin，C.Martin，L.Doninguez，L.de Rafael，F.Baquero，E.Gomez-Mampaso和J.Blazquez.1998.Allele-Specific PCR MethodBased on pncA and oxyR Sequences for Distinguishing Mycobacteriumbovisfrom Mycobacterium tuberculosis：Intraspecific M.bovis pncASequence Polymorphism.J.Clin.Microbiol.36：，239-242.

III.限制性片段长度多态性(RFLP)；

PCR-RFLP Detection of point Mutations in theCatalase-Peroxidase Gene(katG)of Mycobacterium tuberculosisAssociated with Isoniazid Resistance.In：PCR Protocols forEmerging Infectious Diseases(D.H.Persing，Ed.)(1996)ASM Press，Washington，pp.144-149.

IV.单-和(双)-链构象多态性(SSCP和DSCP)；

Delgado M.B.和A.Telenti.Detection of FluoroquinoloneResistance Mutations in Mycobacterium tuberculosis.In：PCRProtocols for Emerging Infectious Diseases(D.H.Persing，Ed.)(1996)ASM Press，Washington，pp.138-143.

Pretorius G.S.P.D.van Helden，F.Sirgel，K.D.Eisenach和T.C.Victor.1995.Mutations in katG Gene Sequences inIsoniazid-Resistant Clinical Isolates of Mycobacteriumtuberculosis Are Rare.Antimicrob.Agents Chemother.39，10，2276-2281.

V.在高密度微阵列上的杂交；

Troesch A，Nguyen H，Miyada CG等人，Mycobacterium speciesidentification and rifampin resistance testing with high-densityDNA probe arrays.J Clin Microbiol 1999；37：49-55.