[发明专利]产多形性蛋白质序列的位点特异性系统

说明书

相关申请

本申请要求2004年8月3日提交的美国临时专利申请系列号60/598,617的优先权，该申请的内容全部纳入本文作参考。

关于本发明在联邦研究和开发基金支持下政府拥有本发明权利的声明

在美国政府支持的、NIH授于的基金RO1 AI28417和AI61589，和USDA授于的基金1999-02298支持下完成本发明。美国政府对本发明拥有一定权利。

发明领域

本发明涉及利用含有作为多样性模板的序列区域的核酸分子使核酸序列多样化。本发明提供多样化的核酸分子，那些核酸分子可用作该模板区(TR)的定向定点多样化和编码所需的酶，以及供制备和应用这些核酸序列的方法。

发明背景

博德特氏菌(Bordetella)博德特氏菌噬菌体负责宿主菌特异性嗜性的基因会产生多样性。产生这种改变是由于遗传元件(包括转录、逆转录元件)以及腺嘌呤特异性定点诱变。此过程必须是两个区域之间信息的逆转录酶介导的交换，一个区域是作为供体的模板区(TR)，另一个区域是作为可变序列信息的受体，即可变区(VR)。

引起哺乳动物包括人呼吸道感染的博德特氏菌，是编码产生多样性独特系统噬菌体家族的宿主菌，其嗜菌体能利用该菌上的不同受体分子附着然后感染该菌(Liu，M.等，《博德特氏菌噬菌体中逆转录酶介导的嗜性转换)(Reverse transcriptase-mediatedtropism stitching in Bordetella bacteriophage)，Science 295：2091-2094，2002和Liu，M.等，《基因组和遗传分析博德特氏菌中编码逆转录酶介导的嗜性盒》(Genomic andgenetic analysis of Bordetella bacteriophages encoding reverse transcriptase-mediatedtropism-switching cassettes)，J Bacteriol，186：1503-17，2004)。由于BvgAS磷酸中继(其调节了该菌的感染周期)介导的基因表达程序复杂，博德特氏菌的细胞表面差别很大(Ackerley，B.J.，Cotter，P.A.和Miller，J.F.，《靶毛素调节子的异位表达改变了博德特氏菌-宿主相互作用的发生》(Ectopic expression of the flagellar regulon altersdevelopment of the Bordetella-host interaction)，Cell 80：611-620，1995；Uhl，M.A.&Miller，J.F.，《多个结构域整合在二组分传感蛋白中：百日咳博德特氏菌的BvgAS磷酸中继》(Integration of multiple domains in a two-cinoibebt sensor protein：the Bordetellapertussis BvgAS phosphorelay)，EMBO J.15：1028-36，1995；Cotter，P.A.和Miller，J.F.，《博德特氏菌》(Bordetella)，选自E.Groisman编的《细菌致病原理》(Principlesof Bacterial Pathogenesis)，，Academic Press，San Diego，CA，619-674，2000；Mattoo，S，Foreman-Wykert，A.K.，Cotter，P.A，Miller，J.F.，《博德特氏菌致病机理》(Mechanismsof Bordetella pathogenesis)，Front Biosci 6，E168-E186，(2001))。