[发明专利]一种基于Hyper-Q技术优化高性能计算集群上G-BLASTN的方法在审
| 申请号： | 202010834338.2 | 申请日： | 2020-08-18 |
| 公开（公告）号： | CN112069120A | 公开（公告）日： | 2020-12-11 |
| 发明（设计）人： | 钱红燕;张雁楠 | 申请（专利权）人： | 南京航空航天大学 |
| 主分类号： | G06F15/163 | 分类号： | G06F15/163;G06F15/16 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 211106 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公布了一种数据传输性能高效的、适合于高性能计算集群的G‑BLASTN序列传输优化方法。目前的G‑BLASTN执行过程是传输一条核酸数据库中的序列序列到GPU显存上，执行一次查询序列比对该条序列的过程。这种设计模式是基于降低性能换取兼容性的考虑。但对于高性能计算集群而言，它往往拥有超大的内存、显存足够容纳各种核酸数据库。我们利用Hyper‑Q技术，实现了批量序列并行传输，让显存中包含整个核酸数据库。这大幅地提升了数据传输的并发性，使得主机端到设备端的数据传输性能提高1.47倍，GPU总运算时间缩短了38.6％。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 hyper 技术 优化 性能 计算 集群 blastn 方法 | ||
【主权项】：
暂无信息
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