[发明专利]一种利用SSR标记构建狗牙根核心种质的方法在审
| 申请号： | 201910883345.9 | 申请日： | 2019-09-18 |
| 公开（公告）号： | CN110607384A | 公开（公告）日： | 2019-12-24 |
| 发明（设计）人： | 黄春琼;龙萄;王文强;张瑜;刘国道 | 申请（专利权）人： | 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12N15/11;G16B50/30 |
| 代理公司： | 11465 北京慕达星云知识产权代理事务所(特殊普通合伙) | 代理人： | 崔自京 |
| 地址： | 571101 *** | 国省代码： | 海南;46 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明公开了一种利用SSR标记构建狗牙根核心种质的方法，属于植物种质资源评价技术领域。包括以下步骤：1)提取原始群体狗牙根样本基因组DNA，进行SSR‑PCR扩增，得到狗牙根SSR分子标记数据；2)在原始群体狗牙根样本分组的情况下，基于SSR分子标记数据，采用多次聚类优先取样法取样，总体取样比例20％，组内取样比例为平方根比例，遗传距离用Nei&Li遗传距离，聚类方法用重心法构建狗牙根核心种质。采用本发明所构建成的狗牙根核心种质能够有效地保留原始种质的遗传结构，而且有效去除了冗余材料，可以作为整体资源的代表性样本。 | ||
| 搜索关键词： | 狗牙根 核心种质 取样 遗传距离 原始群体 构建 聚类 样本 植物种质资源 样本基因组 遗传结构 整体资源 平方根 取样法 有效地 重心法 冗余 种质 分组 保留 | ||
【主权项】：
1.一种利用SSR标记构建狗牙根核心种质的引物，其特征在于，包括22对引物：/nSC12-F：5’-GCAGCTGAAAACCTCCAGAT-3’；SEQ ID NO.1；/nSC12-R：5’-GGCCACTTGATCACACACTC-3’；SEQ ID NO.2；/nSC14-F：5’-ATGAGAACGGAGACGGAGAC-3’；SEQ ID NO.3；/nSC14-R：5’-GTACTGGACGAAGGATCGGT-3’；SEQ ID NO.4；/nSC17-F：5’-ATGGAAGGAGTCTTCGCTGT-3’；SEQ ID NO.5；/nSC17-R：5’-GGAAACCATGGTGCTCTCTT-3’；SEQ ID NO.6；/nSC18-F：5’-ATGGTCAGGAGTGGAAGGAG-3’；SEQ ID NO.7；/nSC18-R：5’-GACTGATGATCGCCTTGTTG-3’；SEQ ID NO.8；/nSC19-F：5’-GCTCCAGCAGATAGAAGGCT-3’；SEQ ID NO.9；/nSC19-R：5’-CACGAGCATGGACTTGAACT-3’；SEQ ID NO.10；/nSC24-F：5’-TCACCAGACCACCAGCTTC-3’；SEQ ID NO.11；/nSC24-R：5’-GAGAACGGGCCAAGGTACT-3’；SEQ ID NO.12；/nSC33-F：5’-GAGGGCGTACAGGAAGAACA-3’；SEQ ID NO.13；/nSC33-R：5’-CCGAGAAGGACTTGGTGAAG-3’；SEQ ID NO.14；/nSC40-F：5’-CTGTATCTTATGCTGGTTTG-3’；SEQ ID NO.15；/nSC40-R：5’-CGTGCTCTGCCTCTGCTA-3’；SEQ ID NO.16；/nSC42-F：5’-TACGACTCCGTCACCAAC-3’；SEQ ID NO.17；/nSC42-R：5’-GGCCATCGCTAATCAATC-3’；SEQ ID NO.18；/nSC44-F：5’-GGGTAGTAGTAGCAGGTTGG-3’；SEQ ID NO.19；/nSC44-R：5’-GTGCGTTTCATCGTTGTT-3’；SEQ ID NO.20；/nSC48-F：5’-GGACTCAAAAATGCTCAGAAA-3’；SEQ ID NO.21；/nSC48-R：5’-TTTGCAGAGCCCGTAACTCT-3’；SEQ ID NO.22；/nSC49-F：5’-CAAGGACCACATCACCATCA-3’；SEQ ID NO.23；/nSC49-R：5’-CGGCCATTGATTATCTGTGA-3’；SEQ ID NO.24；/nSC51-F：5’-TCCTGAGGGGTTCTCACTG-3’；SEQ ID NO.25；/nSC51-R：5’-GGAGTAGGTGCTGCTGATT-3’；SEQ ID NO.26；/nSC53-F：5’-TGACGTCGTTGGTGTAGAGC-3’；SEQ ID NO.27；/nSC53-R：5’-CGACTCCATCTGGTCCAACT-3’；SEQ ID NO.28；/nSC54-F：5’-AGATCGGGGTGGGGAAGA-3’；SEQ ID NO.29；/nSC54-R：5’-GTACATCTCCAGCAGCGACA-3’；SEQ ID NO.30；/nSC55-F：5’-ATCCAATGAGTGGGACTCCA-3’；SEQ ID NO.31；/nSC55-R：5’-CCAGCTTGCTTGGGATTAAA-3’；SEQ ID NO.32；/nSC56-F：5’-TGATGGTGATGCAATGGACT-3’；SEQ ID NO.33；/nSC56-R：5’-GCTGTCTTGGGTTCAGCTTC-3’；SEQ ID NO.34；/nSC58-F：5’-GGCAGCTCCTCTCTCCTTAAA-3’；SEQ ID NO.35；/nSC58-R：5’-ACCATGACCTTGTCCTCGTC-3’；SEQ ID NO.36；/nSC59-F：5’-ACATGTCTCCGTCCCATCA-3’；SEQ ID NO.37；/nSC59-R：5’-ATGAGTCGGTCCTTCTTGG-3’；SEQ ID NO.38；/nSC61-F：5’-AGGGGAAGAAGGGTAAGCAG-3’；SEQ ID NO.39；/nSC61-R：5’-CACCAAATCCACCAAAGGAG-3’；SEQ ID NO.40；/nSC62-F：5’-CATGCGCTTTGAGTTTGAG-3’；SEQ ID NO.41；/nSC62-R：5’-AACACCACAACGACCTTCG-3’；SEQ ID NO.42；/nSC63-F：5’-TCCGTTGCCTATACGGTTG-3’；SEQ ID NO.43；/nSC63-R：5’-GGAACCGATAATCACTCCA-3’；SEQ ID NO.44。/n
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所，未经中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201910883345.9/，转载请声明来源钻瓜专利网。
