[发明专利]一种基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法及核酸适配体

摘要

本发明提供了一种基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，涉及分子生物学检测技术领域，根据匹配原则查询筛选平台集成的数据库系统中是否有与目标蛋白匹配的蛋白结构，如果有则作为受体模板，如果没有则进行同源构建，通过分子动力学模拟和分子对接筛选得到初选的核酸适配体，最为核酸适配体候选物，具有高效、快捷、准确率高的特点。该筛选方法可与“湿法”实验结合，减少“湿法”实验次数，节省实验成本，提高筛选成功率。通过计算机辅助模拟分析得到适配过程中蛋白质与核酸分子间化学反应机理等信息，并将数据在终端进行展示，并在揭示相应生物材料与核酸分子间可能的相互作用机理方面提供数据支撑，因此具有重要的研究意义和使用价值。

主权项

1.一种基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，其特征在于，包括：步骤一，对数据库进行筛选，筛选出具有蛋白A相应结构的蛋白质数据库和核酸数据库，蛋白A为目标蛋白；步骤二，对经过第一步筛选后的数据库进行下载，并对所述经过第一步筛选后的所述数据库中的数据进行数据处理，所述经过第一步筛选后的数据库和经过第一步筛选后的所述数据库中的数据存储录入筛选平台数据库系统中；步骤三，搭建核酸适配体计算生物学筛选平台进行核酸适配体筛选；包括：蛋白体系的构建：所述蛋白体系的构建包括：S01：根据匹配原则查询所述筛选平台数据库系统中是否有与所述蛋白A匹配的蛋白结构：如果所述筛选平台数据库系统中具有与所述蛋白A匹配的蛋白结构，则下载所述蛋白结构作为受体模板；如果所述筛选平台数据库系统中没有与所述蛋白A匹配的蛋白结构，则进行同源构建；S02：根据所述受体模板或所述同源构建方法构建A蛋白三维结构；S03：对所述蛋白A进行分子动力学模拟，获得A蛋白稳定结构；S04：将所述蛋白A稳定结构与所述筛选平台数据库系统中的核酸分子进行对接；判断所述蛋白A稳定结构与所述核酸分子是否对接成功：如果对接成功，则所述核酸分子为初选核酸适配体。