[发明专利]乌鸫系统发育树的构建方法

摘要

本发明公开了一种乌鸫系统发育树的构建方法，属于分子生物学技术领域，包括以下步骤：(1)采集乌鸫标本；(2)乌鸫mtDNA基因组的提取；(3)引物设计和PCR基因扩增；(4)测序、拼接及序列分析；(5)构建系统发育树，确定乌鸫及近缘物种系统分类地位；本发明分析乌鸫线粒体基因组序列特征以及重建了乌鸫与近缘物种系统发育树，一方面可以让乌鸫的分子信息库更加完整，有利于对该属物种以及近缘物种的进一步保护和利用，而且本发明也为其它鸟类的研究提供了研究基础和分子数据。

主权项

1.一种乌鸫系统发育树的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)采集乌鸫标本；(2)乌鸫总基因组的提取从步骤(1)采集的乌鸫标本中提取乌鸫总DNA；(3)引物设计和PCR基因扩增设计可覆盖乌鸫mtDNA全序列的引物，然后采用所述引物对步骤(2)所得的总DNA，进行PCR扩增，扩增所得目的片段之间的重叠为100‑200bp，得到基因样本；(4)测序、拼接及分析将步骤(3)所得的基因样本进行测序，然后利用测得的数据分析其线粒体全基因组的成分、基因的排列顺序和碱基组成特征；再进行序列拼接，得到乌鸫线粒体基因组全序列，如SEQ ID NO:1所示；根据拼接得到的基因组全序列确定乌鸫的13个蛋白质编码基因；预测各tRNA的二级结构，并根据预测结果绘制；最后对线粒体全基因组、13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA和D‑loop进行特征分析；(5)构建系统发育树根据已知的鸟类的13个蛋白质编码基因，用白颊噪鹛和火尾希鹛13个蛋白质编码基因作为外群，去终止密码子后拼接，构建得到系统发育树。