[发明专利]一种并行分子动力学模拟方法及系统有效
| 申请号： | 201910106432.3 | 申请日： | 2019-02-02 |
| 公开（公告）号： | CN109885917B | 公开（公告）日： | 2020-01-31 |
| 发明（设计）人： | 徐新海;林宇斐;任小广;王倩;徐利洋;李豪;叶帅 | 申请（专利权）人： | 中国人民解放军军事科学院国防科技创新研究院 |
| 主分类号： | G06F30/20 | 分类号： | G06F30/20 |
| 代理公司： | 11271 北京安博达知识产权代理有限公司 | 代理人： | 徐国文 |
| 地址： | 100071*** | 国省代码： | 北京;11 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 一种并行分子动力学模拟方法，包括：依据预先建立的全邻居列表粒子关系矩阵的顺序计算每个粒子所受合力；依据所述每个粒子所受合力计算并更新所述全邻居列表粒子关系矩阵中所有粒子的速度和位置信息；基于所有粒子的速度和位置信息对系统宏观物理量进行统计与观测。本发明提供的技术方案结合邻居列表矩阵特征，确定粒子对关系矩阵和计算索引结构，实现了不同并行度下结果的按位一致，实现了计算的可复现性，同时最小限度的影响原有模拟过程，便于研究者排除模拟算法上的错误。 | ||
| 搜索关键词： | 粒子 关系矩阵 分子动力学模拟 邻居 并行 宏观物理量 矩阵特征 模拟过程 模拟算法 顺序计算 索引结构 预先建立 最小限度 并行度 复现性 观测 更新 统计 | ||
【主权项】：
1.一种并行分子动力学模拟方法，该法为基于空间分解的分子动力学划分方法，其特征在于，包括：/n依据预先建立的全邻居列表粒子关系矩阵的顺序计算每个粒子所受合力；以粒子间距离或列表粒子序作为标识，建立索引结构；依据所述计算索引结构的顺序，利用所述矩阵中第i行数据计算系统中第i个粒子所受合力；/n依据所述每个粒子所受合力计算并更新所述全邻居列表粒子关系矩阵中所有粒子的速度和位置信息；/n基于所有粒子的速度和位置信息对系统宏观物理量进行统计与观测；包括利用调整函数对每个粒子的速度和位置信息进行排序，确定累加统计顺序，所述调整函数的操作步骤包括：/n步骤1：如果当前时间步需要输出统计结果；/n步骤2：规约所有数据到0号处理器；/n步骤3：0号处理器对于获得数据按照预定粒子序进行排序；/n步骤4：通过公式累加输出统计结果；/n所述全邻居列表粒子关系矩阵基于系统中所有粒子的坐标、速度、受力关系和作用势建立；所述宏观物理量包括：动能、温度、势能和守恒量。/n
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于中国人民解放军军事科学院国防科技创新研究院，未经中国人民解放军军事科学院国防科技创新研究院许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201910106432.3/，转载请声明来源钻瓜专利网。
