[发明专利]一种基于字符切片技术的含PAM结构gRNA靶向序列筛选方法及应用在审
| 申请号： | 201811317917.9 | 申请日： | 2018-11-07 |
| 公开（公告）号： | CN109411022A | 公开（公告）日： | 2019-03-01 |
| 发明（设计）人： | 陈晓军;樊云芳;马斯霜;白海波;惠建;李树华 | 申请（专利权）人： | 宁夏农林科学院农业生物技术研究中心（宁夏农业生物技术重点实验室） |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B45/00 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 750002 宁夏回族*** | 国省代码： | 宁夏;64 |
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| 摘要： | 本发明属于基因工程领域，尤其涉及一种基于字符切片技术的含PAM（Protospacer Adjacent Motif）结构gRNA靶向序列筛选方法及应用系统。包括以下步骤：(1)读入目标基因的脱氧核苷酸（DNA）序列文件数据；(2)交互式界面输入需要分析筛选的PAM序列；(3)解读PAM模块将指定PAM基序转换成字符列表；(4)比较子字符串模块将PAM基序转换成字符列表逐一与移动窗口序列给定位置进行比较，并判断逻辑关系。(5)全程搜索模块在给定的DNA序列及其反向互补序列中搜索满足条件的序列并存储到空列表中。(6)文件输出模块将结果以文本或电子表格形式呈现。本发明解决了现有技术无法实现对给定DNA序列中筛选含有任意PAM识别基序的gRNA靶序列的筛选问题，为下一步gRNA靶序列的评估和选择奠定技术基础。 | ||
| 搜索关键词： | 筛选 基序 靶向序列 切片技术 靶序列 反向互补序列 基因工程领域 文件输出模块 交互式界面 评估和选择 脱氧核苷酸 电子表格 给定位置 技术基础 满足条件 目标基因 判断逻辑 全程搜索 序列文件 移动窗口 应用系统 子字符串 转换 读入 解读 搜索 存储 文本 应用 分析 | ||
【主权项】：
1.一种基于字符切片技术的含Protospacer Adjacent Motif （PAM）结构gRNA靶向序列筛选方法及应用，其特征在于 ,包括以下步骤：(1)读入目标基因的脱氧核苷酸（DNA）序列文件数据；(2)交互式界面输入需要分析筛选的PAM序列；(3)解读PAM模块将指定PAM基序转换成字符列表；(4)比较子字符串模块将PAM基序转换成字符列表逐一与移动窗口序列给定位置进行比较，并判断逻辑关系；(5) 全程搜索模块在给定的DNA序列及其反向互补序列中搜索满足条件的序列并存储到空列表中；(6) 文件输出模块将结果以文本或电子表格形式呈现。
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