[发明专利]富集捕获粪便中低丰度目标核酸的方法在审
| 申请号： | 201810262321.7 | 申请日： | 2018-03-28 |
| 公开（公告）号： | CN108531474A | 公开（公告）日： | 2018-09-14 |
| 发明（设计）人： | 江慧洪;汤二将;林谋斌 | 申请（专利权）人： | 上海市杨浦区中心医院(同济大学附属杨浦医院) |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10 |
| 代理公司： | 上海科律专利代理事务所(特殊普通合伙) 31290 | 代理人： | 叶凤 |
| 地址： | 200090 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种富集捕获粪便中低丰度目标核酸的方法，属于生物技术领域。首先采用传统的柱式离心管吸附提取法获得粪便样品人基因组DNA，然后设计特异性探针对粪便中的目标基因片段进行扩增；探针的5’端上标记有生物素，能与磁珠上的亲和素进行结合；最后在磁力环境下进行洗脱，从而将目标片段富集捕获下来。本发明采用目标基因片段PCR扩增和靶向捕获相结合的办法，能显著提高粪便中低丰度目标片段的得率和产量，从而有效减少因目标片段提取效率低而引起的检测结果假阴性，特别适用于通过检测粪便DNA开展结直肠癌无创早期诊断和靶向治疗肿瘤基因状态监测等。 | ||
| 搜索关键词： | 捕获 粪便 目标片段 低丰度 富集 目标基因片段 目标核酸 生物技术领域 人基因组DNA 靶向治疗 粪便样品 检测结果 结直肠癌 提取效率 有效减少 早期诊断 肿瘤基因 状态监测 粪便DNA 磁力 传统的 假阴性 离心管 亲和素 生物素 提取法 靶向 磁珠 得率 扩增 探针 无创 吸附 洗脱 柱式 检测 | ||
【主权项】：
1.一种富集捕获粪便中低丰度目标核酸的方法，其特征在于，包括以下操作步骤：1)采用新型粪便采集处理器对粪便样品进行收集及预处理；2)采用柱式离心管吸附提取法对步骤1)中的粪便样品的人基因组DNA进行抽提；3)根据目标基因突变位点所在区段设计探针，同时选择目标基因相对保守的区段作为样品外参，在探针的5’端上标记生物素；4)以步骤2)中获得的粪便样品DNA作为模板，用步骤3)中设计的探针，对目标基因片段进行PCR扩增；5)步骤4)中的目标基因片段PCR扩增产物的5’端上标记有生物素，能与磁珠上共价耦合的亲和素进行特异性结合；在磁力环境下进行洗脱，目标基因片段由于与磁珠绑定得以保留，非目标基因片段和其他杂质(如蛋白)则被去除；6)通过荧光定量PCR对步骤5)中捕获的目标基因片段进行检测。
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