[发明专利]癌症表观遗传谱分析在审
| 申请号： | 201780023350.1 | 申请日： | 2017-02-16 |
| 公开（公告）号： | CN109072312A | 公开（公告）日： | 2018-12-21 |
| 发明（设计）人： | 陈文炜;黄文锋 | 申请（专利权）人： | 新加坡科技研究局 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886 |
| 代理公司： | 北京世峰知识产权代理有限公司 11713 | 代理人： | 康健;王思琪 |
| 地址： | 新加坡*** | 国省代码： | 新加坡;SG |
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| 摘要： | 本发明涉及用于基于组蛋白修饰H3K27ac的信号强度确定癌性生物样品中至少一个超级增强子的存在或不存在的方法。本发明还涉及用于确定受试者中癌症的预后的方法、确定受试者对癌症或胃肠疾病的易感性的方法，以及通过确定至少一个超级增强子的存在或不存在来预测癌细胞存活或癌细胞活力的方法。本发明还涉及CDX2和/或HNF4α抑制剂，例如二甲双胍，和其用于调节超级增强子的活性的用途。 | ||
| 搜索关键词： | 增强子 癌症 癌细胞 信号强度确定 遗传谱分析 二甲双胍 生物样品 胃肠疾病 抑制剂 易感性 组蛋白 预后 癌性 修饰 存活 预测 | ||
【主权项】：
1.一种用于相对于非癌性生物样品确定在癌性生物样品中至少一个超级增强子的存在或不存在的方法，其包括：a)使从所述受试者获得的癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K27ac特异的抗体接触；b)从所述癌性生物样品分离核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰H3K27ac特异的区域；c)使用注释的基因组序列基于所述组蛋白修饰H3K27ac的信号强度对至少一个增强子作图，其中所述至少一个增强子距注释的转录起始位点至少2.5kb；d)将所述分离的核酸中的所述至少一个增强子相对于至少一个参考核酸序列中的至少一个增强子作图，以鉴别所述癌性生物样品中的至少一个超级增强子；e)比较所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的所述信号强度与从非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的参考信号强度；和f)基于所述至少一个超级增强子的信号强度的变化确定所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的存在或不存在。
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