[发明专利]癌症表观遗传谱分析

权利要求书

1.一种用于相对于非癌性生物样品确定在癌性生物样品中至少一个超级增强子的存在或不存在的方法，其包括：

a)使从所述受试者获得的癌性生物样品与至少一种对组蛋白修饰H3K27ac特异的抗体接触；

b)从所述癌性生物样品分离核酸，其中所述分离的核酸包含至少一个对所述组蛋白修饰H3K27ac特异的区域；

c)使用注释的基因组序列基于所述组蛋白修饰H3K27ac的信号强度对至少一个增强子作图，其中所述至少一个增强子距注释的转录起始位点至少2.5kb；

d)将所述分离的核酸中的所述至少一个增强子相对于至少一个参考核酸序列中的至少一个增强子作图，以鉴别所述癌性生物样品中的至少一个超级增强子；

e)比较所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的所述信号强度与从非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的参考信号强度；和

f)基于所述至少一个超级增强子的信号强度的变化确定所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的存在或不存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌性生物样品和非癌性生物样品包括单个细胞、多个细胞、细胞的片段、体液或组织。

3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，其中从同一受试者获得所述癌性生物样品和非癌性生物样品。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述癌性生物样品和非癌性生物样品各自从不同的受试者获得。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中通过染色质的免疫沉淀从所述癌性生物样品分离所述核酸。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述至少一个超级增强子的所述信号强度基于所述组蛋白修饰H3K27ac的每千个碱基的转录物每百万的读段(RPKM)值。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中从至少一种癌细胞系获得所述至少一种参考核酸序列。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中使用ROSE(超级增强子分级)算法鉴别所述癌性生物样品中的所述至少一个超级增强子。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述癌性生物样品中的所述至少一个超级增强子包含与所述至少一个参考核酸序列中的所述至少一个增强子重叠的至少一个核酸碱基对。

10.根据权利要求6所述的方法，其中确定所述至少一个超级增强子的存在或不存在的步骤包括确定所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的所述RKPM值为：

i)相对于从所述非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的所述RPKM值，RPKM值的大于2倍变化；和

ii)相对于从所述非癌性生物样品获得的所述至少一个超级增强子的所述RPKM值，大于0.5RPKM的绝对差。

11.根据权利要求10所述的方法，其中相对于所述非癌性生物样品的所述RPKM值，来自所述癌性生物样品的RPKM值的增加指示所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的存在。

12.根据权利要求10所述的方法，其中相对于所述非癌性生物样品的所述RPKM值，来自所述癌性生物样品的RPKM值的降低指示所述癌性生物样品中所述至少一个超级增强子的不存在。

13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述至少一个超级增强子位于离基因转录起始位点的1000kb以内。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述基因是以下中的一种或多种：癌症相关基因、血管生成基因、细胞增殖基因、细胞侵袭基因、与基因组不稳定性相关的基因、细胞死亡抗性基因、细胞能量基因、细胞周期基因或肿瘤促进基因。