[发明专利]与苏氨酰-tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现

摘要

本文提供了包含氨酰‑tRNA合成酶的新鉴定的蛋白片段的组合物、编码所述蛋白片段的多核苷酸及其互补物、相关试剂、及其在诊断、药物发现、研究和治疗应用中的使用方法。 1

主权项

1.一种组合物，包含至少100个氨基酸的分离的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段，所述蛋白片段包含表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列，其中所述蛋白片段具有至少约5mg/mL的溶解度，并且其中所述组合物以蛋白基计具有至少约95％的纯度，小于约10EU内毒素/mg蛋白，并且基本上没有血清。

2.如权利要求1所述的组合物，其中所述AARS蛋白片段包含与选自以下的序列至少90％同一的氨基酸序列：SEQ.ID.No.12、SEQ.ID.No.14、SEQ.ID.No.24、SEQ.ID.No.26和SEQ.ID.No.50。

3.如权利要求1‑2中任一项所述的组合物，其中所述AARS蛋白片段包含非常规生物活性。

4.如权利要求3所述的组合物，其中所述非常规生物活性选自：细胞外信号传导的调节、细胞增殖的调节、细胞分化的调节、基因转录的调节、细胞因子生成或活性的调节、炎症的调节、和细胞因子受体活性的调节。

5.如权利要求4所述的组合物，其中所述非常规生物活性是基因转录的调节。

6.如权利要求1‑5中任一项所述的组合物，其中所述AARS蛋白片段与异源多肽融合。

7.如权利要求6所述的AARS融合蛋白，其中所述AARS融合蛋白基本上保持所述AARS蛋白片段的非常规活性。

8.如权利要求6所述的AARS融合蛋白，其中所述AARS融合蛋白抑制所述AARS蛋白片段的非常规活性。

9.如权利要求6所述的AARS融合蛋白，其中所述异源多肽与所述AARS蛋白片段的N端连接。

10.如权利要求6所述的AARS融合蛋白，其中所述异源多肽与所述AARS蛋白片段的C端连接。

11.如权利要求6所述的AARS融合蛋白，其中所述异源多肽选自：纯化标签、表位标签、靶向序列、信号肽、膜易位序列、和PK调节物。

12.如权利要求1‑5中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含浓度为最少约10mg/mL的AARS蛋白片段。

13.如权利要求12所述的组合物，其中所述AARS蛋白片段是至少90％单分散的。

14.如权利要求12或13所述的组合物，其中所述组合物包含小于约3％的高分子量聚集蛋白。

15.如权利要求12至14中任一项所述的组合物，其中所述组合物在4℃下在PBS中以至少10mg/mL的浓度保存1周时表现出小于3％的聚集。

16.一种组合物，包含至少100个氨基酸的分离的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段，所述蛋白片段与表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列相差约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或11个氨基酸的置换、缺失和/或添加，其中改变的蛋白片段基本上保持未改变的蛋白的非常规活性，其中所述蛋白片段具有至少约10mg/mL的溶解度，并且其中所述组合物以蛋白基计具有至少约95％的纯度，小于约10EU内毒素/mg蛋白，并且基本上没有血清污染。

17.一种组合物，包含特异性结合表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的分离的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段的分离的抗体，其中所述抗体对所述AARS蛋白片段的亲和力比所述抗体对相应的全长AARS多肽的亲和力强约10X，并且其中所述抗体拮抗所述AARS蛋白片段的非常规活性。

18.一种组合物，包含特异性结合表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的分离的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段的分离的抗体，其中所述抗体具有至少约10nM的对所述AARS蛋白片段的亲和力，和至少约100nM的对相应全长AARS多肽的亲和力。

19.如权利要求17或18中任一项所述的组合物，其中所述抗体结合位于表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的AARS多肽独特剪接点内的表位，或者结合该剪接位点的C端氨基酸序列。

20.如权利要求17或18中任一项所述的组合物，其中所述抗体结合包含选自以下的至少5个连续氨基酸的表位：SEQ.ID.No.30、SEQ.ID.No.32、SEQ.ID.No.34和SEQ.ID.No.94。

21.如权利要求17或18中任一项所述的组合物，其拮抗所述AARS多肽的非常规活性。

22.一种生物测定系统，包含至少100个氨基酸的基本上纯的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段和结合所述AARS蛋白片段的结合伴侣，所述蛋白片段包含表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列。

23.如权利要求22所述的生物测定系统，其中所述结合伴侣选自：细胞表面受体蛋白、核酸、脂质膜、细胞调节蛋白、酶和转录因子。

24.如权利要求22所述的组合物，其中所述AARS蛋白片段包含与选自以下的序列至少90％同一的氨基酸序列：SEQ.ID.No.12、SEQ.ID.No.14、SEQ.ID.No.24、SEQ.ID.No.26、和SEQ.ID.No.50。

25.一种细胞组合物，包含：至少100个氨基酸的分离的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段，所述蛋白片段包含表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列；和工程化的细胞群，其中至少一个细胞包含编码所述AARS蛋白片段的多核苷酸，其中所述细胞能够在无血清培养基中生长。

26.一种检测系统，包含：至少100个氨基酸的基本上纯的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段，所述蛋白片段包含表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列；包含结合所述蛋白片段的细胞表面受体或其细胞外部分的细胞；和调节所述AARS蛋白片段和细胞外受体的结合或相互作用的小于约2000道尔顿的分子或第二多肽。

27.一种诊断系统，包含：至少100个氨基酸的基本上纯的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段，所述蛋白片段包含表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列；和包含特异性结合所述AARS蛋白片段的细胞表面受体或其细胞外部分的细胞，其中所述细胞包含指示分子，所述指示分子允许检测所述细胞表面受体或其细胞外部分的水平或活性的变化。

28.一种细胞生长装置，包含：至少100个氨基酸的分离的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段，所述蛋白片段包含表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列；工程化的细胞群，其中至少一个细胞包含编码所述AARS蛋白片段的多核苷酸；至少约10升的无血清生长培养基；和无菌容器。

29.一种反义或RNA干扰(RNAi)剂，包含靶向对抗表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的AARS剪接变体的独特剪接点的序列。

30.一种治疗组合物，包含至少100个氨基酸的分离的氨酰‑tRNA合成酶(AARS)蛋白片段，所述蛋白片段包含表1‑3、或表4‑6、或表7‑9任一个中所列的氨基酸序列，其中所述蛋白片段特异性结合结合伴侣以发挥生理效应并且具有至少约5mg/mL的溶解度，并且其中所述组合物以蛋白基计具有至少约95％的纯度和小于约10EU内毒素/mg蛋白。

31.如权利要求29所述的治疗组合物，其中所述AARS蛋白片段包含与选自以下的序列至少90％同一的氨基酸序列：SEQ.ID.No.12、SEQ.ID.No.14、SEQ.ID.No.24、SEQ.ID.No.26、和SEQ.ID.No.50。

32.如权利要求29或30所述的治疗组合物，其中所述结合伴侣选自：细胞表面受体、核酸、脂质膜、调节蛋白、酶和转录因子。

33.如权利要求29或30所述的治疗组合物，其中所述AARS蛋白片段与异源多肽融合。

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