[发明专利]一种基于云计算平台Spark的变异检测方法有效
| 申请号： | 201710886300.8 | 申请日： | 2017-09-27 |
| 公开（公告）号： | CN107665291B | 公开（公告）日： | 2020-05-22 |
| 发明（设计）人： | 董守斌;吴宗泽;袁华;付佳兵;张铃启 | 申请（专利权）人： | 华南理工大学 |
| 主分类号： | G16B20/50 | 分类号： | G16B20/50 |
| 代理公司： | 广州市华学知识产权代理有限公司 44245 | 代理人： | 冯炳辉 |
| 地址： | 510006 广东省*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于云计算平台Spark的变异检测方法，包括步骤：1)Spark主节点截取部分的输入序列比对映射格式文件，分发到各个Spark工作节点中；2)Spark工作节点并行对上述的片段序列比对映射格式文件进行预处理，获取片段的预处理信息并返回到Spark主节点；3)Spark主节点根据上述的预处理信息对输入序列比对映射格式文件进行自定义粒度划分，并分发到各个Spark工作节点；4)Spark工作节点对片段序列比对映射格式文件进行变异检测，Spark主节点接收所有工作节点的返回数据并写入文件。本发明能有效解决HaplotypeCaller变异检测方法不能适应于多节点环境情景或者在多节点时负载不均衡的问题。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 计算 平台 spark 变异 检测 方法 | ||
【主权项】：
一种基于云计算平台Spark的变异检测方法，其特征在于，包括以下步骤：1)Spark主节点截取部分的输入序列比对映射格式文件，分发到各个Spark工作节点中；2)Spark工作节点并行对上述的片段序列比对映射格式文件进行预处理，获取片段的预处理信息并返回到Spark主节点；3)Spark主节点根据上述的预处理信息对输入序列比对映射格式文件进行自定义粒度划分，并分发到各个Spark工作节点；4)Spark工作节点对片段序列比对映射格式文件进行变异检测，Spark主节点接收所有工作节点的返回数据并写入文件。
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