[发明专利]一种肿瘤ctDNA的信息统计方法

摘要

本发明提供一种肿瘤ctDNA的信息统计方法，涉及一种临床辅助检测技术领域。该发明包含以下步骤：提取血浆中的ctDNA、DNA的测序、序列对比与统计、QPCR检测、拷贝数变异检测和片段差异统计。本发明收样方便、简洁，可作为一种非侵入性，可重复性和高敏感性的液体活检技术。

主权项

1.一种肿瘤ctDNA的信息统计方法，其特征在于，包括以下步骤：S10、提取血浆中的ctDNA；S20、DNA的测序：将上述提取出的游离DNA，分别构建样本文库，其中100‑500bp的DNA分子两端被加上测序所用接头，来自不同样本的游离DNA被加上不同的标签序列，从而在一次测序中得到的数据中可以使多个不同样本的数据区分开，然后对样本文库进行测序；S30、序列对比与统计：将上述测序后得到的不同样本的游离DNA的序列与标准人类基因组的序列进行对比，得到上述游离DNA片段长度信息及定位于人类基因组相应位置得信息，将标准人类基因组划分多个区域，统计每个区域中所含有的上述游离DNA的序列的个数ni，j和平均GC含量GCi，j，其中i和j分别表示区域编号和样本编号；S40、QPCR检测：以提取的ctDNA为模板，利用设计好的肿瘤易感基因SNP突变为点分子探针，对ctNDA中的肿瘤易感基因进行检测；S50、拷贝数变异检测：以每条染色体的长短臂为统计单元，加和计算每个样本中各条染色体长短臂上总拷贝率之和，计算出每条染色体臂在对照样本中的值来判断该染色体臂是否发生了数目异常；S60、片段差异统计：根据S30计算所得的片段长度信息，分别统计140‑200bp的主峰位置，及其所占所有序列的比例，通过这两个值计算反映出待检测样本在正常人群中的利群程度。