[发明专利]一种肿瘤ctDNA的信息统计方法

权利要求书

1.一种肿瘤ctDNA的信息统计方法，其特征在于，包括以下步骤：

S10、提取血浆中的ctDNA；

S20、DNA的测序：将上述提取出的游离DNA，分别构建样本文库，其中100-500bp的DNA分子两端被加上测序所用接头，来自不同样本的游离DNA被加上不同的标签序列，从而在一次测序中得到的数据中可以使多个不同样本的数据区分开，然后对样本文库进行测序；

S30、序列对比与统计：将上述测序后得到的不同样本的游离DNA的序列与标准人类基因组的序列进行对比，得到上述游离DNA片段长度信息及定位于人类基因组相应位置得信息，将标准人类基因组划分多个区域，统计每个区域中所含有的上述游离DNA的序列的个数n_i，j和平均GC含量GC_i，j，其中i和j分别表示区域编号和样本编号；

S40、QPCR检测：以提取的ctDNA为模板，利用设计好的肿瘤易感基因SNP突变为点分子探针，对ctNDA中的肿瘤易感基因进行检测；

S50、拷贝数变异检测：以每条染色体的长短臂为统计单元，加和计算每个样本中各条染色体长短臂上总拷贝率之和，计算出每条染色体臂在对照样本中的值来判断该染色体臂是否发生了数目异常；

S60、片段差异统计：根据S30计算所得的片段长度信息，分别统计140-200bp的主峰位置，及其所占所有序列的比例，通过这两个值计算反映出待检测样本在正常人群中的利群程度。

2.一种如权利要求1所述的一种肿瘤ctDNA的信息统计方法，其特征在于，所述S10血浆中ctDNA的提取包括以下步骤：

S101、EDTA抗凝管中抽取5ml静脉血，上下颠倒混匀，4℃运输；

S102、静脉血放入离心机，1600g，4℃，离心10min，吸取上清液至新的无菌2.0ml离心管中，16000g，4℃，离心10min，在吸取上清液至新的无菌2.0ml离心管中；

S103、向2mlEP管中加入1ml血浆样本，在加入1ml lysis buffer，30ul蛋白酶K和60ul纳米颗粒吸附磁珠，充分颠倒混匀5min，将混匀样品放入离心机，12000rpm，常温离心3min，吸弃上清；

S104、向含有沉淀的管中加入1ml wash buffer I，用移液枪反复吹打，将沉淀充分悬浮均匀，放入离心机，常温离心，13000rpm，1min，吸弃上清；

S105、向含有沉淀的管中加入1ml wash buffer II，用移液枪反复吹打，将沉淀充分悬浮均匀，放入离心机，常温离心，13000rpm，1min，吸弃上清；

S106、离心管开盖状态下，于56℃水浴中加热3min，以挥发掉未能吸尽的wash bufferII，加入50-70ul EB缓冲液，充分悬浮管底的bead沉淀，盖紧管盖，于56℃水浴15min，取出离心管于14000rpm离心3min，所得上清即为DNA溶液，用移液枪将其移入新管；

S107、DNA置于-20℃保存备用。

3.一种如权利要求1所述的一种肿瘤ctDNA的信息统计方法，其特征在于，所述S50中，基因拷贝数计算方法如下：收集正常非肿瘤患者50例，分别提取ctDNA，并进行QPCR检测，检测结果得到的CT值作为Y值带入到模板制备获得的计算公式y＝kx+b中，得到X值，10_x即为模板上样量2ulctDNA中所含的改基因拷贝数，利用新公式(10_x*a)/2b计算出每毫升血浆中该基因拷贝数，其中a为ctDNA总体积，b为QPCR上样模板体积。