[发明专利]一种预测同源重组缺失机制及患者对癌症治疗响应的方法

摘要

本发明公开一种预测同源重组缺失机制及患者对癌症治疗响应的方法，涉及生物信息预测领域，其根据包括大片段INDEL分数、拷贝数变异分数和肿瘤突变负荷分数中的一个或多个的综合值，判断肿瘤样本是否存在同源重组缺失，其中，所述综合值还可以包括杂合缺失变异分数。本发明实现了染色体大片段结构、染色体基因型数目、染色体基因拷贝数、染色体变异间隔和杂合缺失异常，以及染色体端粒不平衡预测，使评估范围更加完善，能够准确地预测HRD，利用综合值还可以确定患者是否对包含PARP抑制剂、DNA损伤抑制剂、拓扑异构酶II/II+抑制剂、拓扑异构酶I抑制剂、放射治疗中的一种或多种的治疗方案发生响应，方法简单，普适性广。

主权项

一种预测同源重组缺失机制的方法，其特征在于，所述方法是根据包括大片段INDEL分数、拷贝数变异分数和肿瘤突变负荷分数中的一个或多个的综合值，判断肿瘤样本是否存在同源重组缺失；其中，所述大片段INDEL分数、拷贝数变异分数以及肿瘤突变负荷分数是通过利用癌症相关的靶向基因库设计的探针获得的肿瘤样本和正常样本的基因序列得到的；其中，所述利用癌症相关的靶向基因库设计的探针获得的肿瘤样本和正常样本的基因序列包括以下步骤：对癌症相关的基因进行筛选，得到靶向基因库；根据靶向基因库的基因序列设计探针；将探针与肿瘤样本DNA和正常样本DNA分别进行杂交，得到目标区域范围内的肿瘤样本DNA片段和正常样本DNA片段，经建库和测序步骤，得到肿瘤样本基因序列和正常样本基因序列；其中，所述大片段INDEL分数值是根据肿瘤样本基因和正常样本基因序列序列统计得到；其中，所述拷贝数变异分数值是通过肿瘤样本基因序列和正常样本基因序列统计得到；其中，所述肿瘤突变负荷分数值是通过对正常样本基因序列和肿瘤样本基因序列进行单碱基水平变异分析得到。