[发明专利]一种分析蛋白质侧链构象含时动力学演化的方法有效
| 申请号： | 201710026473.2 | 申请日： | 2017-01-13 |
| 公开（公告）号： | CN107203702B | 公开（公告）日： | 2020-04-21 |
| 发明（设计）人： | 何建锋 | 申请（专利权）人： | 北京理工大学 |
| 主分类号： | G16B15/20 | 分类号： | G16B15/20 |
| 代理公司： | 北京理工正阳知识产权代理事务所(普通合伙) 11639 | 代理人： | 毛燕 |
| 地址： | 100081 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种分析蛋白质侧链构象含时动力学演化的方法，属于蛋白质结构与动力学研究领域。通过计算蛋白质运动过程中氨基酸残基侧链在每一个时刻的相对扭转角，获得氨基酸残基侧链扭转为主的重要信息，步骤为：步骤1：获取蛋白质初始结构；步骤2：采用步骤1的蛋白质初始结构进行含时分子动力学模拟，得到蛋白质运动轨迹文件；步骤3：从步骤2的蛋白质运动轨迹文件，提取氨基酸残基侧链，计算第N时刻的氨基酸残基侧链的相对扭转角；步骤4：计算第一时刻后所有时刻的氨基酸残基侧链的相对扭转角，给出相对扭转角随时间的演化。本发明解决了传统方法以及工具难以观察蛋白质侧链构象含时动力学演化的难题。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 分析 蛋白质 构象 动力学 演化 方法 | ||
【主权项】：
一种分析蛋白质侧链构象含时动力学演化的方法，其特征在于：通过计算蛋白质运动过程中氨基酸残基侧链在每一个时刻的相对扭转角，获得氨基酸残基侧链扭转为主的重要信息；为实现上述目的，一种分析蛋白质侧链构象含时动力学演化的方法，步骤如下：步骤1：获取蛋白质初始结构；步骤2：采用步骤1的蛋白质初始结构进行含时分子动力学模拟，得到蛋白质运动轨迹文件；步骤3：从步骤2的蛋白质运动轨迹文件，提取氨基酸残基侧链，计算第N时刻的氨基酸残基侧链的相对扭转角；步骤4：计算第一时刻后所有时刻的氨基酸残基侧链的相对扭转角，给出相对扭转角随时间的演化；至此，从步骤1到步骤4，完成了一种分析蛋白质侧链构象含时动力学演化的方法。
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