[发明专利]一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法在审
| 申请号： | 201410298339.4 | 申请日： | 2014-06-25 |
| 公开（公告）号： | CN105205346A | 公开（公告）日： | 2015-12-30 |
| 发明（设计）人： | 冉挺;陆旖;张智敏 | 申请（专利权）人： | 中国药科大学 |
| 主分类号： | G06F19/16 | 分类号： | G06F19/16 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 211215 江苏省南*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法。采用分子对接和分子动力学模拟手段建立了一种在未知抑制剂活性情况下的“事前”活性评价方法，这种方法在BRD4抑制剂发现和进行分子设计的早期具有加快抑制剂甄别速度的重要作用，对于节约研发成本和提高研发效率具有重要意义。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 适用于 brd4 蛋白 抑制剂 活性 预测 方法 | ||
【主权项】：
一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法，具体步骤包括：(1)获得多个现有BRD4抑制剂的晶体复合物结构；(2)对所有晶体复合物进行分子动力学模拟，提取动力学模拟轨迹中的平均结构；(3)计算步骤(2)步中提取的每个轨迹中平均结构的绝对结合自由能；(4)生成自由能量值和实验测试活性值(实验测试活性通过公式[‑LOG(实际测试活性值)]转换为pIC50值)之间的线性拟合函数，二者之间的拟合曲线和拟合函数如图1所示；(5)采用分子对接法获得未知实验测试活性抑制剂和BRD4蛋白的结合方式信息，建立类似于步骤(2)的分子动力学模拟用分子体系，重复步骤(2)和步骤(3)，得到未知实验测试活性抑制剂的结合自由能值；(6)基于步骤(4)中的拟合函数预测未知实验测试活性抑制剂的活性。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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