[发明专利]一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法在审
| 申请号： | 201410298339.4 | 申请日： | 2014-06-25 |
| 公开（公告）号： | CN105205346A | 公开（公告）日： | 2015-12-30 |
| 发明（设计）人： | 冉挺;陆旖;张智敏 | 申请（专利权）人： | 中国药科大学 |
| 主分类号： | G06F19/16 | 分类号： | G06F19/16 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 211215 江苏省南*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 适用于 brd4 蛋白 抑制剂 活性 预测 方法 | ||
【权利要求书】：
1.一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法，具体步骤包括：
(1)获得多个现有BRD4抑制剂的晶体复合物结构；
(2)对所有晶体复合物进行分子动力学模拟，提取动力学模拟轨迹中的平均结构；
(3)计算步骤(2)步中提取的每个轨迹中平均结构的绝对结合自由能；
(4)生成自由能量值和实验测试活性值(实验测试活性通过公式[-LOG(实际测试活性值)]转换为pIC50值)之间的线性拟合函数，二者之间的拟合曲线和拟合函数如图1所示；
(5)采用分子对接法获得未知实验测试活性抑制剂和BRD4蛋白的结合方式信息，建立类似于步骤(2)的分子动力学模拟用分子体系，重复步骤(2)和步骤(3)，得到未知实验测试活性抑制剂的结合自由能值；
(6)基于步骤(4)中的拟合函数预测未知实验测试活性抑制剂的活性。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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