[发明专利]一种虚拟合成物种调查异源多倍体物种起源的方法

摘要

本发明涉及一种虚拟合成物种调查异源多倍体物种起源的方法，其包括：1）采用PCR技术对自然异源多倍体及其亲本物种进行全基因组水平的分子标记分析；2）根据合成异源多倍体过程中，亲本具有的分子特征能在合成后代中得到体现的原则，利用亲本物种的分子标记数据，模拟合成种的分子标记数据；3）利用遗传关系分析软件和数据统计分析软件，分析由不同亲本种类型模拟合成的虚拟异源多倍体与自然异源多倍体的亲缘关系，根据遗传差异大小，推导异源多倍体中亚基因组的来源。本发明避免了人工合成的繁琐过程，可同时对待测亲本物种的所有变异类型进行分析，亦能扣除另一（其它）亲本种基因组对分析结果的影响，方法简单，时间周期短，耗资少，节省人力物力。

主权项

一种虚拟合成物种调查异源多倍体物种起源的方法，其步骤如下：1）亲本物种及自然异源多倍体全基因组水平分子扫描：采用PCR技术对自然异源多倍体及其亲本物种进行全基因组水平的分子标记分析；2）虚拟合成异源多倍体：根据合成异源多倍体过程中，亲本具有的分子特征能在合成后代中得到体现的原则，利用亲本物种的分子标记数据，模拟合成种的分子标记数据；3)亲缘关系分析：利用NTSYS软件计算各亲本与自然异源多倍体，以及各虚拟合成异源多倍体与自然异源多倍体间的遗传距离，并对分子标记数据进行UPGMA聚类分析和主成分分析（PCA）；用STRUCTURE软件分析二倍体亲本的不同变异类型与自然异源多倍体之间的血缘关系；用ARLEQUIN软件，按亲本物种进行分子标记方差分析(AMOVA)，检验各亲本物种对虚拟合成异源多倍体遗传差异的贡献率；用SAS软件对来源于同一亲本物种内不同个体的虚拟合成异源多倍体之间的遗传距离进行方差分析（ANOVA），并对亲本与自然异源多倍体、虚拟合成异源多倍体与自然异源多倍体间的遗传距离进行方差分析及多重比较；通过以上分析揭示不同亲本种类型模拟合成的虚拟异源多倍体与自然异源多倍体相互间遗传差异的大小，根据遗传差异越小，该亲本类型与异源多倍体越为接近，则该类型越可能是异源多倍体中亚基因组的来源的原则，推导异源多倍体中亚基因组的来源。