[发明专利]一种利用DNA序列条码矫正二代高通量测序的序列丰度偏差的方法

摘要

本发明涉及一种利用DNA序列条码矫正二代高通量测序的序列丰度偏差的方法，通过引进10个或10个以上的DNA序列作为条码标签，对各种不同样品的DNA通过高通量测序获得的丰度数据进行矫正。本发明通过三种不同的设计引入DNA序列条码，这三种方法可适用于各种不同的样品条件。在描述这三个技术设计时，我们的设计以454高通量测序为例。但这个原理同样适用于其他的高通量测序技术平台，包括SOLiD、Polynator等等。本发明有效地克服了当前二代高通量测序的几个平台建库中的emulsion PCR步骤引入的实验误差。本发明设计的技术方法和实验流程，通过引入100万种以上(410＝1048576)的DNA序列条码，来区分和纠正在emulsion PCR过程中某一模板序列由于油包水小球破裂污染产生的偏高的序列读出丰度。

主权项

1.一种利用DNA序列条码矫正二代高通量测序的序列丰度偏差的方法，其特征是采用方式一：将10个核酸序列组成的序列条码(用N代表)加到454建库adaptor的下游直接与样本DNA相连的部分(其中字体加粗的部分为序列互补部分)或者，方式二：将10个核酸序列组成的序列条码(用N代表)通过2个PCR引物加到测序样品的一端，核酸序列条码通过最后一轮PCR引入5’-NNNNNNNNNN-与样本序列上游互补的特异序列-3’5’-NNNNNNNNNN-与样本序列下游互补的特异序列-3’，或者，方式三：将高通量测序引导序列和10(5×2)个核酸序列条码(用N代表)通过PCR加到测序样品的两端(每端5个核酸条码序列)，核酸序列条码通过最后一轮PCR引入#PA：5’-CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAG-N5-与样本序列上游互补的特异序列#PB：5’-CCTATCCCCTGTGTGCCTTGGCAGTCTCAG-N5-与样本序列下游互补的特异序列，上述三种方式DNA序列条码对不同样品DNA通过测序平台高通量测序获得的丰度数据进行矫正。