[发明专利]肿瘤修复基因突变的荧光实时PCR检测方法及试剂系统

摘要

本发明属药物疗效检测技术领域，具体涉及一种肿瘤相关基因突变的实时PCR检测方法及试剂系统。本发明针对肿瘤个体化治疗相关的肿瘤修复基因XRCC3，ERCC1和ERCC2作为检测的目的基因，使用专门设计的特异性寡核苷酸引物序列和水解探针，采用Taqman－MGB检测试剂系统，通过荧光实时定量PCR方法，对肿瘤相关基因的特点位点突变进行检测，试剂系统是指包含本发明所涉及的任何特异性寡核苷酸序列和探针的实时荧光定量PCR试剂系统。本发明可用于临床个体化用药方案的效果检测。

主权项

1、一种肿瘤修复基因突变的实时PCR检测方法，该方法以检测肿瘤修复基因为目的，使用针对肿瘤修复基因的专门设计的特异性寡核苷酸引物序列和水解探针，采用Taqman-MGB检测试剂系统，通过荧光实时定量PCR方法，对肿瘤修复基因的特定位点进行检测；所述的肿瘤修复基因包括ERCC1，ERCC2，XRCC3基因；所述的特异性寡核苷酸引物序列至少包括下述之一种，以及由该引物序列采用任意表记方法或者修饰方法而生成的寡核苷酸衍生物：引物名称 寡核苷酸序列ERCC1-118FP GGAATTACGTCGCCAAATTCCERCC1-118RP GCAATCCCGTACTGAAGTTCGTERCC2-312FP GAGACGGACGCCCACCTERCC2-312RP GGAGGCGGGAAAGGGACTERCC2-751FP CCCTCTCCCTTTCCTCTGTTCTERCC2-751RP CACTCAGAGCTGCTGAGCAATCXRCC3-241FP ATGGCTCGCCTGGTGGTXRCC3-241RP CCCTGCCTTGGTGCTCAC所述水解探针至少包括下述一种，以及由该探针采用任意标记方法或修饰方法而生成的寡核苷酸衍生物：探针名称 寡核苷酸及标记集团ERCC1-118FAM(C) FAM-CAGGGCACGTTGCG-MGBERCC1-118FAM(T) FAM-CAGGGCACATTGC-MGBERCC2-312FAM(C) FAM-CTTCGTCGGGCAGCA-MGBERCC2-312FAM(T) FAM-TGCTGCCCAACGAA-MGBERCC2-751FAM(T) FAM-CTATCCTCTTCAGCGTCT-MGBERCC2-751FAM(G) FAM-CTATCCTCTGCAGCGTCT-MGBXRCC3-241FAM(C) FAM-TCACGCAGCGTGGCCCCC-MGBXRCC3-241FAM(T) FAM-CACGCAGCATGGCCCCCAG-MGB其中，FAM代表FAM基团，MGB代表MGB基团；而且FAM可用其他任意用于标记的荧光素替代；所述的Taqman-MGB检测试剂系统，由以下两部分构成：一：Taqman-MGB实时定量PCR试剂系统：(1)5XPCR反应缓冲液：50-250mmol/L Tris·Cl(20℃下PH8.3-8.8)100-500mmol/L KCl0.5-25mmol/L MgCl2 25mmol/L二硫苏糖醇0.25-2.5％Triton X-100；(2)dNTP0.5-15mmol/L各种dNTP；(3)前端引物和后端引物由所述引物序列合成的引物，各种引物浓度范围：20-200mmol/L；(4)探针由所述水解探针序列合成的探针，探针浓度范围：20-200mmol/L；(5)热启动DNA聚合酶酶使用量在0.5-5U；二：DNA提取系统标本DNA提取方法以酚/氯仿法、小量柱式离心法或其他方法提取。