[发明专利]用于转录作图的基因识别标签（GIS）分析方法

摘要

下文描述了依据本发明一实施例的转录作图方法，该方法综合了基于短标签测序方法(SAGE和MPSS)的效率和全长cDNA(flcDNA)方法的精确性来全面描述转录组。这个方法也称为基因识别标签分析(GIS)方法。在该方法中，截取全长cDNA克隆的5’和3’末端来连接形成一个双标签结构，随后以一种高效方式对该双标签的双标签串联体进行测序，最后定位到基因组中来确认该基因的结构。由于一个GIS双标签代表一个转录本的5’和3’末端，所以它提供的信息量比SAGE和MPSS标签的更多。为了能够有效的进行转录作图和基因定位识别，该方法能得到5’和3’标签对之间的片断长度，包括方向，分类和染色体家族的信息。此外，采用压缩后缀矩阵(CSA)来索引基因组序列不仅提高了作图的速度而且减少对计算存储量的需要。

主权项

1.一种转录作图方法，其包含以下步骤：从一个基因的转录本中获得一个5’末端标签和一个3’末端标签；将5’末端标签与一个基因组序列上的至少一个部分匹配，因此在那识别至少一个5’位点，其中每一个都有一段序列能与5’末端标签匹配；将3’末端标签与一个基因组序列上的至少一个部分匹配，因此在那识别至少一个3’位点，至少一个5’位点中的每一个都有一段序列能与5’末端标签匹配；识别至少一个出现片段，其中每一个都是一个序列片段，该序列片段沿着基因组序列从至少一个5’位点中的一个延伸到至少一个3’位点中的一个，至少一个出现片段中的每一个都有一个序列长度；并且识别至少一个可能的基因位置，其中每一个可能的基因位置都是至少一个出现片段中的一个，该片段拥有一个不超过一个预定义基因长度的序列长度。