[发明专利]用于转录作图的基因识别标签（GIS）分析方法

权利要求书

1.一种转录作图方法，其包含以下步骤：

从一个基因的转录本中获得一个5’末端标签和一个3’末端标签；

将5’末端标签与一个基因组序列上的至少一个部分匹配，因此在那识别至少一个5’位点，其中每一个都有一段序列能与5’末端标签匹配；

将3’末端标签与一个基因组序列上的至少一个部分匹配，因此在那识别至少一个3’位点，至少一个5’位点中的每一个都有一段序列能与5’末端标签匹配；

识别至少一个出现片段，其中每一个都是一个序列片段，该序列片段沿着基因组序列从至少一个5’位点中的一个延伸到至少一个3’位点中的一个，至少一个出现片段中的每一个都有一个序列长度；并且

识别至少一个可能的基因位置，其中每一个可能的基因位置都是至少一个出现片段中的一个，该片段拥有一个不超过一个预定义基因长度的序列长度。

2.如权利要求1所述的转录作图方法，确定一个5’末端标签和一个3’末端标签的步骤包括以下步骤：

为形成该5’末端标签，提供一段至少有16个碱基对的核苷序列；并且

为形成该3’末端标签，提供一段至少有16个碱基对的核苷序列。

3.如权利要求1所述的转录作图方法，将5’末端标签与一段基因组序列的至少一个部分匹配包括以下步骤：

把5’末端标签与一段染色体序列匹配。

4.如权利要求3所述的转录作图方法，将3’末端标签与一段基因组序列的至少一个部分匹配包括以下步骤：

把3’末端标签与一段染色体序列匹配。

5.如权利要求1所述的转录作图方法，还包含了生成用于索引该基因组序列的数据结构的步骤。

6.如权利要求1所述的转录作图方法，还包含了生成至少一个用于索引该基因组序列的树结构和有序数组的步骤。

7.如权利要求1所述的转录作图方法，还包含了生成用于索引该基因组序列的后缀数组、后缀树、二进制树形网络和一个压缩后缀数组中至少一个的步骤。

8.如权利要求7所述的转录作图方法，将5’末端标签和基因组序列的至少一个部分相匹配包括以下步骤：

对基因序列采用前移和/或后移的操作方法，比较5’末端标签和基因组序列的至少一个部分，以获得至少一个5’位点。

9.如权利要求8所述的转录作图方法，将3’末端标签和基因组序列的至少一个部分相匹配以下步骤：

对基因序列采用前移和/或后移的方法，比较3’末端标签和基因组序列的至少一个部分，以获得至少一个3’位点。

10.如权利要求1所述的转录作图方法，识别至少一个可能的基因位点的步骤包括：比较至少一个出现片段中的每一个和至少一个5’位点之一以及相应的至少一个3’位点之一与基因组序列中的至少一个部分之间的序列顺序，从而得到至少一个可能的基因位置。

11.如权利要求10中的转录作图方法，比较至少一个出现片段中的每一个和至少一个5’位点之一和相应的至少一个3’位点之一的序列顺序包括下列步骤：根据一个5’-出现片段-3’结构来比较至少一个出现片段中的每一个和至少一个5’位点之一和相应的至少一个3’位点之一的序列顺序。

12.如权利要求1中的转录作图方法，识别至少一个可能的基因位置的步骤包括识别至少一个出现片段中的每一个的5’-3’方向，以此获得至少一个可能的基因位置。

13.如权利要求12中的转录作图方法，识别5’-3’方向的步骤包括鉴别一个AA核苷酸残基，该AA核苷酸残基包含3’末端标签的一部分。

14.如权利要求1所述的转录作图方法，识别至少一个可能基因位置的步骤包括：识别染色体，与出现片段相应的至少一个5’位点之一和至少一个3’位点之一定位在该染色体上，以因此识别至少一个可能的基因位置。

15.如权利要求1所述的转录作图方法，将5’末端标签与一个基因组序列的至少一个部分相匹配的步骤包括：

识别至少一个5’位点的数量；和

将3’末端标签与一个基因组序列的至少一个部分相匹配的步骤包括：

识别至少一个3’位点的数量。