[发明专利]基因转录物比较分析

权利要求书

1.一种分析含有基因转录物的样本的方法，该方法包括下述步骤：

(a)建立一个生物序列文库，

(b)生成一个转录物序列的集合，该集合中每一段转录物序列对应文库中不同生物序列。

(c)在一台已编程的计算机中处理转录物序列，该计算机中存储了与参考生物序列对应着的参考转录物序列的数据库，从而对每一段转录物序列生成一个确定的序列值，每一个上述确定的序列值对应一个序列标注和一段转录物序列与至少一段参考转录物序列之间的匹配程度。

(d)处理每一个上述确定的序列值以生成最终数据值，它对应每一个确定的序列值出现于文库中的次数。

2.权利要求1的方法，其中步骤(a)包括下列步骤：

获取mRNA的混合物；

制备mRNA的cDNA拷贝；

分离受上述cDNA转染的代表性克隆群体，并且从中建立生物序列文库。

3.权利要求1的方法，其中的生物序列是cDNA序列。

4.权利要求1的方法，其中的生物序列是RNA序列。

5.权利要求1的方法，其中的生物序列是蛋白质序列。

6.权利要求1的方法，其中，所述匹配的第一值表示严格匹配，匹配的第二值表示非严格匹配。

7.一种比较两种含有基因转录物的样本的方法，该方法包括：

(a)按照权利要求1的方法分析第一样本；

(b)建立第二生物序列文库，

(c)生成第二转录物序列集合，该集合中的每一段转录物序列对应于上述第二文库中不同生物序列之一；

(d)在前述已编程的计算机上处理第二转录物序列集合，以生成第二确定的序列值集合，称为进一步确定的序列值，其中每一个进一步确定的序列值对应一个序列标注和在第二文库中的一段生物序列与至少一段参考序列的匹配程度；

(e)处理每一个上述进一步确定的序列值，以生成进一步最终数据值，它表示每一个进一步确定的序列值出现在第二文库中的次数。

(f)处理从第一样本得到的最终数据值与从第二样本得到的进一步确定的序列值，生成转录物序列的比率，每一比率值对应于两个样本之间基因转录物数目的差别。

8.一种将一个生物样本中的mRNA相对丰度量化的方法，该方法包括下述步骤：    

(a)从生物样本中分离mRNA转录物群体；

(b)确定以序列特异性方法转录mRNA的基因；

(c)确定对应于每一个基因的mRNA转录物数目；

(d)利用mRNA转录物数目确定mRNA转录物群体中mRNA转录物的相对丰度。

9.一种包括产生基因转录物图象的诊断方法，该方法包括下述步骤：

(a)从生物样本中分离出mRNA转录物群体；

(b)确定以序列特异性方法转录mRNA的基因；

(c)确定对应于每一个基因的mRNA转录物数目；

(d)利用mRNA转录物数目确定mRNA转录物群体中mRNA转录物的相对丰度，确定mRNA转录物相对丰度值的数据来自生物样本的基因转录物图象。

10.权利要求9的方法，进一步包括：

(e)提供一个标准的正常条件下与病理条件下基因转录物图象的集合；

(f)比较生物样本的基因转录物图象与步骤(e)的基因转录物图象，以确定至少一种标准基因转录物图象，该图象最接近生物样本的基因转录物图象。

11.权利要求9的方法，其中生物样本是活体解剖组织、痰、血或尿。