[发明专利]一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用。借助本发明提供的特异性DNA标记可以准确鉴定待测水稻材料在qGL‑1上是否携带嘉陵1B长粒等位基因。通过实验表明携带qGL1上嘉陵1B长粒等位基因水稻株系粒长显著增加，表明本发明提供的特异性DNA标记特异性好，准确性高，在通过分子标记辅助选择技术进行粒长改良育种中具有良好的应用前景。

技术领域

本发明涉及水稻粒型改良的遗传育种技术领域，具体涉及一种鉴定水稻粒长QTLqGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用。

背景技术

水稻作为最重要的粮食作物，提供了人类近50％的食物和营养来源，我国是世界上水稻产量最高的国家，总产量高达2亿吨以上，我国超过一半的人口将水稻作为主要食物。水稻的粒型是一个重要的商业指标，由水稻的粒长、粒宽以及长宽比共同决定，不同粒型的水稻具有不同的口感，目前北方人多偏好吃短圆形的粳米，南方人多偏好吃细长型的籼米。

粒重和粒型是典型的数量性状座位(QTL)，由少数主效位点和大量微效位点共同控制。分离和克隆控制粒重和粒型的QTL对水稻粒型的遗传改良具有重要意义。分子标记辅助选择技术是一种能将目标有利等位基因转育至待改良的水稻品种中的专业技术，其中与目标QTL共分离的特异性DNA标记是分子标记辅助选择育种技术的核心。发明人从由南恢968与嘉陵1B构建的遗传群体中鉴定到一个新的控制粒长的QTL qGL1-(35.15-35.18)(文中简称qGL1)，在该座位上，嘉陵1B携带的等位基因可以增加谷粒长度。目前，关于该QTLqGL1上嘉陵1B长粒等位基因的特异性DNA标记尚未开发。

发明内容

为了解决现有技术存在的上述不足，本发明的目的是提供一种鉴定水稻粒长QTLqGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其在分子标记辅助选择育种中的应用。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下：

一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记Z1-131，包括以下引物序列：

Z1-131-F：5'-GGTCACAGGCTCACAG-3'；

Z1-131-R：5'-ACTGAATTTTACATTTTTTGTCCA-3'。

上述特异性DNA标记Z1-131在鉴定粒长QTL qGL1座位上嘉陵1B长粒等位基因的应用。

一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的试剂盒，包括权上述特异性DNA标记Z1-131。

进一步地，采用上述特异性DNA标记Z1-131或试剂盒鉴定粒长QTL qGL1座位上嘉陵1B长粒等位基因的方法，包括以下步骤：

1)以待测水稻材料和对照嘉陵1B的基因组DNA为模板，应用Z1-131进行PCR扩增；

2)当待测样品的扩增产物片段大小与嘉陵1B的片段大小一致时，表明待测样品携带qGL1上嘉陵1B长粒等位基因。

进一步地，PCR扩增体系包括：5μL2×Mix、1μLDNA模板、1μL引物和3μLddH₂O。

进一步地，PCR扩增过程中反应程序为：92～95℃预变性1～3分钟，92～95℃变性30～60秒，50～60℃退火30～60秒，70～75℃延伸40～50秒，共25～35个循环，70～75℃终延伸1～3分钟。

进一步地，PCR扩增过程中反应程序为：94℃预变性2分钟，94℃变性45秒，55℃退火45秒，72℃延伸45秒，共30个循环，72℃终延伸2分钟。

本发明具有以下有益效果：