[发明专利]奶山羊TRIB3基因单核苷酸多态性标记在乳成分性状早期选择中的应用

说明书

本发明公开了一种奶山羊TRIB3基因单核苷酸多态性标记在乳成分性状早期选择中的应用。以奶山羊全基因组DNA为模板，利用PCR扩增奶山羊TRIB3基因部分片段，通过测序技术分析TRIB3基因突变位点g.59957364GA的基因型。根据其不同基因型与乳成分性状关联分析结果，该突变位点具有与奶山羊乳成分性状显著关联的单核苷酸多态性标记，可用于快速建立羊乳品质优良的奶山羊遗传资源种群，有利于对乳成分性状优势奶山羊群体进行早期选择及加快良种选育进程。

技术领域

本发明属于畜禽品种改良与分子育种领域，涉及TRIB3基因单核苷酸多态性的分型检测及其在奶山羊所分泌羊乳的乳成分性状早期选择中的应用。

背景技术

分子遗传学的进步促进了DNA标记在动物遗传育种中的发展和应用。标记辅助选择技术有效解决了传统育种方法中许多经济性状难以测量、遗传力较低的问题，在早期进行选育时具有明显的优势。单核苷酸多态性(SNP)为基因组DNA序列中单个核苷酸(A/T/C/G)的替换引起的多态性。SNP是所有生物体中最丰富的遗传变异，包含了个体间90％以上的差异，因此，SNPs是种群研究和基因组定位的最佳遗传变异资源，利用SNP标记进行基因组选择是一种强有力的遗传选择工具。与其他DNA标记相比，SNPs具有稳定的遗传性、更适合作为长期选择标记；与其他类型的变异相比，SNPs普遍存在并可以在在感兴趣的位点附近提供更多的潜在标记。此外，大多数SNP标记位于DNA的编码区，可以直接影响编码蛋白质的功能。

Tribbles(TRIBs)基因家族是在果蝇体内最早发现的一类编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶样蛋白的基因，是诱导细胞凋亡、抑制有丝分裂的核基因。TRIB3基因位于奶山羊13号染色体，全长11440bp，具有4个外显子和3个内含子。通过蛋白质序列分析表明，TRIB3蛋白具有中心激酶样结构域、N-末端和C-末端蛋白结合结构域，在功能上被认定为是一种调节蛋白，其通过泛素化或蛋白酶体降解从而调节其他蛋白的活性。TRIB3基因存在广泛，在多种生物的不同器官与组织中皆有分布，在哺乳动物中表达水平高且在不同组织器官中具有显著差异。TRIB3蛋白作用于细胞内的代谢过程大多通过激烈抑制Akt磷酸化活性、影响胰岛素途径、抑制脂代谢及糖代谢等主要功能机制。

乳脂的合成和分泌过程主要分为脂肪酸的从头合成、甘油三酯的合成、脂滴的形成及脂滴包装后的分泌。酶乙酰辅酶A羧化酶(ACC)是脂肪酸合成过程中的限速酶，而TRIB3蛋白可以加速ACC的泛素化，从而减少细胞内游离脂肪酸的合成，有研究表明TRIB3蛋白广泛表达于多种哺乳动物乳腺组织细胞中，并在乳腺合成乳脂方面发挥重要作用。然而，仅通过TRIB3基因本身的生物学功能无法预测羊乳品质，难以实现优良个体的早期选择。并且羊乳的主要成分不仅包括乳脂，还包括乳蛋白、非脂乳固形物、乳糖等，其品质并不是仅决定于所含乳脂的水平，单纯过高的乳脂水平从风味、加工难度以及食用健康安全角度看并不完全适应现有的乳品质改良和发展目标。目前，国内外尚未见报道奶山羊TRIB3基因的多态性与奶山羊乳成分性状的遗传相关性。

发明内容

本发明的目的在于提供一种奶山羊TRIB3基因单核苷酸多态性标记在乳成分性状早期选择中的应用，通过快速建立羊乳品质优良的奶山羊遗传资源种群，有利于对乳成分性状优势奶山羊群体进行早期选择及加快良种选育进程。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测奶山羊TRIB3基因单核苷酸多态性的方法，包括以下步骤：

以待测奶山羊个体的离体生物材料所含DNA(例如萨能奶山羊、西农萨能奶山羊个体基因组DNA)为模板，利用PCR扩增包含TRIB3基因单核苷酸多态性位点的部分片段，然后鉴定该单核苷酸多态性位点的基因型(例如将扩增产物测序分析，根据测序结果进行位点基因分型)，所述单核苷酸多态性位点为山羊TRIB3基因第59957364位突变位点NC_030820.1:g.59957364GA(即所述单核苷酸多态性位点位于chr13:59957364，在奶山羊群体中存在G-A突变)。

优选的，所述PCR的引物对为：