[发明专利]一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法在审
申请号: | 202310466462.1 | 申请日: | 2023-04-27 |
公开(公告)号: | CN116482157A | 公开(公告)日: | 2023-07-25 |
发明(设计)人: | 张芳榕;张云;蓝文宁 | 申请(专利权)人: | 福建医科大学 |
主分类号: | G01N24/08 | 分类号: | G01N24/08 |
代理公司: | 常州易瑞智新专利代理事务所(普通合伙) 32338 | 代理人: | 孙盼盼 |
地址: | 350000*** | 国省代码: | 福建;35 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 筛选 甜菜碱 生物 代谢 分析 方法 | ||
1.一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述方法以秀丽隐杆线虫作为衰老模型,包括以下步骤:
步骤一,实验分组:将野生型秀丽隐杆线虫放入培养皿中,并分为Day1、Day4、Day7、Day10四个组别;
步骤二,秀丽隐杆线虫培养:野生型秀丽隐杆线虫采用涂布有大肠杆菌平板培养,产卵期收集虫卵同步化,在培养基中培养至L4期;
步骤三,诱导处理:将L4期的秀丽隐杆线虫加入到6厘米的培养皿中,同时提供OP50作为食物,孵育;
步骤四,样品收集:步骤三结束之后收集线虫样品到离心管中待进一步处理;
步骤五,样品制备:收集到的样品经过提取、富集、旋转蒸干、重悬后进行分析;
步骤六,代谢物检测分析:基于NGM获得代谢谱,采用代谢组学相关软件和统计学方法进行代谢物的鉴定和差异代谢物筛选;
步骤七,代谢通路分析:采用代谢通路相关软件数据库以及软件程序,构建相应的代谢通路信号并进行分析。
2.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:在所述步骤三所述的培养皿中加入等体积相同浓度的二甲基亚砜。
3.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述步骤三用于实验的虫子密度为每皿10000只。
4.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述Day1孵育时间为一天,Day4孵育时间为四天,Day7孵育时间为七天,Day10孵育时间为十天。
5.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述步骤五中的提取方式为研磨破碎方式,提取溶剂为-20℃预冷的体积为2:1的甲醇:水溶液,提取过程均为低温环境。
6.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述步骤六中基于NGM获得代谢谱的具体方法为:使用配备TXI探头的Bruker Avance IIIHD 600-MHz核磁共振光谱仪进行1H NMR代谢剖面和分析的核磁共振测量,512次扫描,F1中73,728点,12019.230Hz谱宽,1024个瞬态,循环延迟4s。
7.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述步骤六中代谢物的鉴定的具体方法为:数据在Bruker Topspin 4.0.2版本中使用自由感应衰减的一维指数窗口乘法、傅里叶变换和相位校正处理;核磁共振数据导入Matlab2014a;以三甲基硅丙酸为内标进行化学位移对照(设为0ppm);排除水、TSP和甲醇信号周围区域;核磁共振谱对齐;采用概率商归一化进行归一化,以补偿样品之间的浓度差异;在分析过程中,使用Chenomx NMR suite 8.4和参考化合物对代谢物组织进行鉴定。
8.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述步骤六中差异代谢物筛选的具体方法为:将所述归一化后的数据用Metaboanalyst软件运行进行无监督模式识别的主成分分析法、有监督模式识别的偏最小二乘法及正交偏最小二乘法判别分析判别分析,通过得分图比较各组样本组间的代谢物差异,评价模型质量;进一步地,根据t-检验结果(p值0.05)作为差异代谢物即生物标志物的候选变量。
9.根据权利要求1所述的一种用于筛选甜菜碱的生物代谢组学分析方法,其特征在于:所述步骤七具体为:将所述归一化的数据采用PubChem、KEGG数据库基线搜索、匹配;然后整合转换的数值、t-检验结果、KEGG编码、代谢物名称,利用Rstudio软件进行代谢路径的可视化,绘制代谢信号网络图;进一步地,差异代谢物主要分布于TCA循环、氨基酸代谢和脂质代谢等。
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