[发明专利]一种构建水平基因转移网络的方法

权利要求书

1.一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：包括以下步骤：

S1：基于检测到的HGT事件构建初始物种HGT网络；

S2：根据边的权重，对边进行过滤；

S3：合并初始物种HGT网络的节点；

S4：建立HGT事件网络。

2.根据权利要求1所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：所述S1中检测得到得HGT事件包含五个信息：donor基因组，donor基因组上断点位置，receptor基因组，receptor基因组上断点位置，支持该事件的测序读数数目。

3.根据权利要求2所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：所述S1中每个断点为一个节点，节点间的边即为支持该断点对的HGT事件，边的权重即为支持该断点对的读数数目。

4.根据权利要求1所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：所述S2中根据贝叶斯模型，把权重低于一定cutoff的边删去。

5.根据权利要求4所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：把边删去后，对节点进行过滤。

6.根据权利要求5所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：计算每个节点的度，并把度数为0的点删去，得到过滤的初始物种HGT网络。

7.根据权利要求1所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：所述S3中根据不同的层次合并节点，把他们对应的边和权重也相应的合并，得到不同水平的物种HGT网络，对节点进行种、属、科等不同分类层次的标注，并对具有相同分类单元的节点进行合并，通过这些方式，这样就可以在每个样本中生成具有不同分类级别的物种HGT网络。

8.根据权利要求7所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：所述S3中合并方法方为两种：

第一种方法对基因组划分成等长的window，把属于相同window的节点合并。

第二种方法根据分类水平合并节点。

9.根据权利要求7所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：对HGT事件定义为不同的分类层次，得到具有不同分类级别的HGT事件网络。

10.根据权利要求1所述的一种构建水平基因转移网络的方法，其特征在于：在HGT事件网络中，每个HGT事件为一个节点，如果两个HGT事件中，涉及到相同的基因组，在对应的两个节点间加一条边，此时所构造的网络是无向图。