[发明专利]水稻耐盐相关分子标记及其应用

权利要求书

1.一种水稻耐盐相关分子标记，其位于5号染色体上发现GWAS信号位点，与该位点紧密连锁的SNP为m5_29816，位于水稻参考基因组IRGSP1.0 5号染色体29,816,575位，多态位点为G/A。

2.一种鉴定水稻耐盐相关分子标记的方法，其特征在于，检测如权利要求1所述的水稻耐盐相关分子标记的多态性，即水稻参考基因组IRGSP1.0 5号染色体29,816,575位为G基因型或A基因型或GA混合基因型。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述检测采用PCR扩增来进行。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述PCR为KASP技术。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，采用的引物如下：

SNP_G 5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTaccaagtgatatgttcgaagatagtctatG-3’;

SNP_A 5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTaccaagtgatatgttcgaagatagtctatA-3’;

Common 5’-tgaagcttcgttgttagatgcga-3’。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，利用所述引物及KASP Master Mix，以水稻基因组DNA为模板，采用KASP进行实时定量荧光PCR仪上开展PCR扩增，荧光检测和数据分析。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，PCR程序为：94 °C 15 分钟；94 °C 20 秒，60°C 60 秒，10 个循环，每个循环降低0.6 °C；94 °C 20 秒，55 °C 60 秒，30 个循环，反应完成后读取FAM和HEX通道荧光信号，FAM信号对应G基因型，HEX信号对应A基因型。

8.如权利要求1所述的水稻耐盐相关分子标记或如权利要求2至7任一项所述的方法在水稻育种中的应用。

9.如权利要求8所述的应用，其特征在于，所述育种是培育或筛选耐盐的目的水稻品种；所述标记用于分子标记辅助选择。

10.如权利要求9所述的应用，其特征在于，所述目的水稻品种为AA基因型或GA杂合基因型。