[发明专利]基于核酸一致性的引物设计方法、系统及计算机存储介质

权利要求书

1.基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，包括：

获取靶向核酸序列；

对所述靶向核酸序列进行分类，获得多个分类单元；

将每个所述分类单元中的至少一条靶向核酸序列作为代表序列；

设计所述代表序列的候选引物；

依次选择每个所述分类单元的至多一对候选引物，建立候选引物池；

将所述候选引物池中存在非特异性扩增的候选引物排除，获得最终的引物池。

2.根据权利要求1所述的基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，所述将每个所述分类单元中的至少一条靶向核酸序列作为代表序列，包括：

将所述分类单元中长度符合要求的靶向核酸序列作为代表序列；

确定所述分类单元中其他靶向核酸序列与所述代表序列的相似性，将相似性达到相似性阈值的靶向核酸序列也作为所述代表序列。

3.根据权利要求2所述的基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，还包括：

当所述代表序列的数量超过数量阈值时，随机选择一定数量的代表序列作为最终的代表序列。

4.根据权利要求1所述的基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，在设计得到所述候选引物后，还将所述候选引物按照所在的所述分类单元以引物效率从高到低的顺序排序，排序后按照所述候选引物的顺序依次选择每个所述分类单元的至多一对候选引物建立所述候选引物池。

5.根据权利要求1所述的基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，在选择所述分类单元的候选引物加入所述候选引物池时，确定待加入的所述候选引物与已经加入至所述候选引物池的候选引物是否存在互作，如果不存在互作则加入至所述候选引物池，如果存在互作则不加入至所述候选引物池。

6.根据权利要求5所述的基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，当一个所述分类单元中没有候选引物被加入至所述候选引物池，则将所述分类单元过滤掉，在完成对所述候选引物池的建立后，依据被过滤的所述分类单元的候选引物再次建立候选引物池。

7.根据权利要求5所述的基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，如果当前分类单元没有候选引物被加入到所述候选引物池，则返回上一个分类单元，重新判断上一个分类单元中的候选引物是否能够加入到所述候选引物池中，如果存在这样的候选引物，则将上一个分类单元中的一对候选引物加入到所述候选引物池，并跳转至下一个分类单元。

8.根据权利要求1所述的基于核酸一致性的引物设计方法，其特征在于，还包括：

检验所述引物池中的引物是否存在发卡结构和二聚体，如果存在，则将存在发卡结构和二聚体引物排除。

9.基于核酸一致性的引物设计系统，其特征在于，包括：

序列获取模块，用于获取靶向核酸序列；

序列分类模块，用于对所述靶向核酸序列进行分类，获得多个分类单元；

代表序列查询模块，用于将每个所述分类单元中的至少一条靶向核酸序列作为代表序列；

候选引物设计模块，用于设计所述代表序列的候选引物；

候选引物池建立模块，用于依次选择每个所述分类单元的至多一对候选引物，建立候选引物池；

引物池过滤模块，用于将所述候选引物池中存在非特异性扩增的候选引物排除，获得最终的引物池。

10.一种计算机存储介质，其特征在于，所述计算机存储介质中存储有多条计算机指令，所述多条计算机指令用于使计算机执行权利要求1-8任一项所述的方法。