[发明专利]乳腺癌诊断标志基因及其筛查方法

说明书

本发明涉及本发明属于基因组学核生物医学技术领域，公开了乳腺癌诊断标志基因及其筛查方法，通过采用差异分析、Lasso回归分析、随机森林以及Cox分析等技术确定与Luminal B型乳腺癌亚型诊断相关的标志基因。基于这些标志基因，将Luminal B型乳腺癌划分成了两个新的亚型并在两个验证集上对两个新亚型进行了验证。被验证的Luminal B型乳腺癌亚型标志基因可用于临床上Luminal B型乳腺癌亚型筛查和诊断，同时可以联合其他临床检查结果完成临床诊治决策，实现不同亚型Luminal B型乳腺癌的早发现、早诊断和早治疗，从而大大改善Luminal B型乳腺癌患者的预后。

技术领域

本发明属于基因组学和生物医学技术领域，尤其是涉及一种乳腺癌特征基因的标志基因及其筛选方法。

背景技术

乳腺癌作为高度分子异质性疾病，沿用的解剖学分期和组织学分类已不能满足其目前的临床诊治需求，尤其缺少能够标志肿瘤生物学行为并对临床治疗提供指导作用的乳腺癌组织学分类方法。因此，探求乳腺癌的致病机制，开发精准的乳腺癌筛查和治疗方法，仍然是保护女性健康的重要课题。

近年来，高通量的癌症基因组学证实，乳腺癌并非单一疾病，而是由多种亚型组成的疾病，目前通过基因表达谱对乳腺癌几个亚型(PAM50，专利号WO2009158143 A1)：即管腔上皮(表达正常乳腺管腔上皮激素受体、细胞角蛋白和相关基因)A型(Luminal A)、管腔上皮B型(Luminal B，较A型激素受体水平低，组织学级别高)、HER-2过表达型和基底样型(basal-like，表达乳腺上皮基底样或干细胞相关基因)，以及类正常细胞型。这几种类型在之后大量的临床研究中，证实了它们在预后和治疗反应等方面具有特异性。比如，管腔A型，侵袭性与转移性比较弱，术后复发转移风险相对低，对内分泌治疗比较敏感；管腔B型预后中等，需要内分泌治疗联合化疗；HER2阳性型和基底细胞型则预后很差；HER2阳性型，一般用抗HER2靶向治疗(曲妥珠单抗)联合化疗和(或)内分泌治疗；基底细胞型预后最差，需要化疗治疗。另外一种技术(Oncotype Dx)是对专门针对雌激素受体阳性及淋巴结阴性的乳腺癌病人，用21个基因表达量来计算复发分数，复发分数低的病人只需要内分泌治疗，复发分数高的病人则需要化疗。然而，以上两种基因分型技术均存在一些问题。PAM50分子分型不够精准，比如是否存在类正常细胞型还存在争论，各亚型之间的比例也不确定；另外，PAM50无法精确地证实哪种亚型需要用具体的化疗药物；Oncotype Dx只是针对雌激素受体阳性的乳腺癌病人，而不适用于雌激素受体阴性的病人。在专利108949983A中提供一组乳腺癌分型基因群，可将乳腺癌分为间质型、增殖型和代谢型三种亚型，不同亚型的乳腺癌具有不同的基因表达谱。不同亚型的乳腺癌病人对内分泌治疗药物和化疗药物有不同的反应，据此采用合适的药物将极大的提高乳腺癌病人的生存率。

虽然乳腺癌的发病率在上升，但乳腺癌的死亡率却在下降。这不仅仅因为靶向药物治疗的研究不断深入，乳腺癌预后得以改善，复发率降低，也是基于多种乳腺癌分子标志物的不但深入研究在早期乳腺癌诊断及预后中的应用。在专利CN104805197A中公开一种乳腺癌分子标志物S100A8/A9用于乳腺癌诊断和预后评估的方法，明确了分子标志物S100A8/A9在不同分子病理亚型的乳腺癌患者中表达存在差异，其中在基底细胞型(basal-like)和Her-2过表达型(Her-2amplified)中高表达，而在管腔上皮A型(Luminal A)和管腔上皮B型(Luminal B)亚型中表达量较低，有显著统计学差异。在专利CN111424090A中涉及SGCE基因作为三阴性乳腺的标志物的应用，结果证实SGCE在三阴性乳腺癌组织或细胞中高表达，且生存分析表明SGCE基因的表达与三阴性乳腺癌的预后密切相关，说明SGCE基因可作为三阴性乳腺癌诊断或预后评估的标志物。