[发明专利]一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法

权利要求书

1.一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤一、基于已有的处理质子化发色团LYR分子力场文件，在描述结构的rtf文件中删除席夫碱氮上面的氢原子以及更改相应的成键项；

步骤二、用在线工具CGenFF重新生成删除氢原子后发色团LYR的电荷分布；

步骤三、用量子化学计算方法验证步骤二的电荷分布；

步骤四、根据已有的去质子化参数文件，正确设置prm文件里面bonds，angles，dihedrals和impropers项；

步骤五、合并重新生成后的rtf和prm文件为str格式用于处理视蛋白去质子化的发色团LYR。

2.根据权利要求1所述一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，其特征在于：所述步骤一具体包括：在CHARMM官网下载描述质子化发色团LYR结构的rtf文件，删除rtf文件中描述席夫碱氮上面的氢原子那一行，同时，删除氢原子后，由于NZ与HZ没有成键，需要删除该成键项。

3.根据权利要求1所述一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，其特征在于：所述步骤二具体包括：上传去质子化的发色团LYR三级结构，CGenFF处理后，其生成的rtf文件中，电荷会在删除的氢原子附近重新分布，以达到去质子化发色团LYR体系电荷平衡的状态。

4.根据权利要求1所述一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，其特征在于：所述步骤三具体包括：利用Gaussain软件计算去质子化发色团LYR删除氢原子附近的电荷分布，同步骤二的方法相比，若有误差，以Gaussian软件计算的为准。

5.根据权利要求4所述一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，其特征在于：删除氢原子后电荷重新分布主要存在与其靠近的几个原子，删除的氢原子附近电荷的具体变化过程如下：

1.将原先CE原子的原子电荷从0.27改为0.04；

2.将原先NZ原子的原子电荷从-0.40改为-0.60；

3.将原先C1原子的原子电荷从0.37改为0.23；

4.将原先H11原子的原子电荷从0.20改为0.15。

6.根据权利要求1所述一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，其特征在于：所述步骤五具体包括：根据str文件的编写格式，将rtf和prm文件一起写入其中，合并后同在分子动力学体系的建立过程中处理质子化的发色团LYR一样能够被分子动力学软件直接读取。

7.一种计算机可读存储介质，其特征在于：该计算机可读存储介质上存储有计算机程序，该计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1～6任一项所述的制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法。