[发明专利]一种用于筛查MAML2融合基因的组合物和方法

说明书

本发明涉及利用荧光定量PCR技术筛查MAML2重排相关融合基因的引物探针、组合物及方法，筛查的相关融合基因包含5种常见的伙伴基因，分别为KMT2A、YAP1、WWTR1、CXCR4‑MAML2、CRTC1、CRTC3；共有11个融合基因。本发明检测灵敏度高、特异性强，分别针对这11个融合基因设计了特异性引物及探针，检测方法方便、经济、快捷，适用于大批量样本的临床结合骨髓检查、染色体核型分析、免疫分型等结果综合评估疾病的发生发展；为血液病患者的诊断、预后分层和靶向治疗提供指导。

技术领域

本发明属生命科学和生物技术领域，特别涉及一种基于荧光定量PCR检测MAML2融合基因的引物探针组合物及方法。

背景技术

血液病即造血系统疾病，包括原发于造血系统疾病(如白血病原发于骨髓组织等)和主要累及造血系统疾病(如缺铁性贫血等)。白血病是造血系统的恶性疾病，随着科技的发展，对白血病的研究也不断深入，染色体异常(通常表现为融合基因)是导致白血病发生发展的主要变异类型，目前有很多融合基因例如BCR-ABL1、AML1-ETO和PML-RARA等在疾病诊断、监控、靶向治疗以及预后等多方面提供了重要的分子指标。有研究表明，MAML2不仅黏液表皮样癌、汗腺瘤和乳腺癌等多种癌症中异常表达而且与白血病的发生发展具有一定的相关性。

有关MAML2基因融合在白血病中是较为罕见的，其中KMT2A-MAML2融合基因多见，MAML2基因位于染色体11q21，其编码的MAML2蛋白是转录活化因子MAML蛋白家族成员之一，是NOTCH信号通路的协同激活因子，直接可与Notch受体(Notch R)的细胞内结构域(Notchintra Cellular domain，Notch IC)作用，且与DNA结合蛋白(CBF1)形成CBF1-Notch IC-MAML三聚体，募集组蛋白乙酰转移酶p300(HDAC)，使组蛋白乙酰化，激活目的基因的转录，从而发挥生物学效应。MAML2基因融合在血液病中的研究进展和是否能在预后中发挥重要作用，还需要更多的研究来验证，但与MAML2相关融合基因仍可以作为疾病筛查的标志物的补充，有助于白血病的监测。

认识到白血病发病过程中的基因和表型变化对各类白血病的诊断与治疗具有重要意义，融合基因的发现更是让白血病的诊断以及预后研究有了明显进展。临床上通过对一些融合基因的检测，初期可以指导科学合理选择长期治疗的有效方案，可避免不必要的治疗或过度治疗；也可通过对融合基因表达水平的长期监测，对药效做出评价，指导用药，决定治疗方案。目前对MAML2基因重排并无完整系统筛查方案，因此需建立一套完整的MAML2基因重排检测系统。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术不足，建立一种新的灵敏高效、特异性好、检测重复性高的MAML2基因重排相关融合基因的检测方法，基于多重荧光定量PCR进行检测，速度快且简单高效，为AML疾病的相关基因融合筛查及鉴定、辅助临床诊断以及预后提供临床意义。

因此，本发明提供了一种基于多重荧光定量法筛查及鉴定KMT2A(E8)-MAML2(E2)、KMT2A(E9)-MAML2(E2)、KMT2A(E10)-MAML2(E2)、KMT2A(E11)-MAML2(E2)、YAP1(E1)-MAML2(E2)、YAP1(E5)-MAML2(E2)、YAP1(E6)-MAML2(E2)、WWTR1-MAML2、CXCR4-MAML2、CRTC1-MAML2、CRTC3-MAML2共11种MAML2重排相关融合基因的组合物，所述组合物包括正、反向引物和探针，采用多重荧光PCR技术，将存在于MAML2基因的反向引物、及其对应的探针，配对不同的伙伴基因上的多条正向引物。引物和探针的核苷酸序列如下：

KMT2A-8F：5'-CGCCCAAGTATCCCTGTAAAAC-3'

KMT2A-9F：5'-GATGGAGTCCACAGGATCAGAG-3'

KMT2A-10F：5'-AGGGTGGTTTGCTTTCTCTGT-3'