[发明专利]一种基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法

权利要求书

1.一种基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

获取isomiR序列，利用信息熵量化miRNA对应isomiR序列的不确定性，作为miRNA的特征；

获取miRNA-mRNA调控关系，找到对合成致死相关基因具有调控关系的miRNA，用表达相关系数作为权重对miRNA特征计算加权平均值；

合成致死基因组合的特征即为2个相关基因上述计算结果的均值，用于输入机器学习模型。

2.根据权利要求1所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，根据isomiR表达数据获取所有isomiR的染色体坐标及其对应前体和成熟miRNA的名称；根据前体的名称，从hsa.gff3中获得前体的染色体坐标，从hairpin.fa中获取前体的序列。

3.根据权利要求1所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，获取所有isomiR的染色体坐标，获取相应位置的序列。

4.根据权利要求1所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，根据isomiR的染色体坐标与前体坐标的相对位置，从前体序列中提取出isomiR序列，其中正链的坐标起点在序列头部，负链的坐标起点在序列尾部。

5.根据权利要求4所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，从hsa.gff3中前体对应成熟miRNA中，根据成熟miRNA名称找到isomiR对应成熟miRNA的染色体坐标。

6.根据权利要求4所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，从hsa.gff3中前体对应成熟miRNA中，根据成熟miRNA名称找到isomiR对应成熟miRNA的染色体坐标，将相对于成熟miRNA坐标偏移量超出4nt的isomiR去除。

7.根据权利要求1所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，从starBase数据库下载所有miRNA-mRNA调控关系结果，下载的每一组调控关系应至少被三种预测软件预测到。

8.根据权利要求1所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，对miRNA利用信息熵量化miRNA对应isomiR5’端和3’端序列的不确定性，作为miRNA的特征，记为MIH：

MIH表示miRNA的特征，L表示经典miRNA长度变化范围，其范围为±4nt，i为其中某位置，表示某位置碱基出现的频率，表示某位置碱基不出现的频率。

9.根据权利要求1所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，一对miRNA-mRNA调控关系，用TCGA表达数据进行Spearman相关性分析，保留显著负相关的结果。

10.根据权利要求1所述的基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法，其特征在于，对于所有调控某个mRNA的miRNA，对它们的MIH用表达相关系数作为权重计算加权平均值，作为mRNA的特征，记为m：

m表示mRNA的特征，N为调控某个mRNA的miRNA数量，i表示其中一个miRNA，r为表达相关系数，MIH表示miRNA的特征；

合成致死基因组合的特征即为2个相关基因上述计算结果的均值。