[发明专利]与葡萄花性别关联的SNP位点及应用

说明书

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及与葡萄花性别关联的SNP位点及应用，本发明利用基于200K芯片的GWAS的分析，鉴定到了和花性相关联的SNP位点和候选基因CYP1，该位点可以用于葡萄两性花材料的分子标记辅助育种。而由于分子标记在辅助育种体系中具有简便、快速、高通量的优势，因而本发明所提供的SNP位点在两性花葡萄新品种培育中具有较好的应用价值。

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种与葡萄花性别关联的SNP位点及应用。

背景技术

葡萄花的性别可以分为雄花，雌能花和两性花，通过对花的性别早期的预测可以提前筛选出是两性花的优异植株，减少栽培成本，为葡萄育种奠定基础。发掘葡萄性别相关的基因，开发与葡萄性别紧密相关的分子标记，通过分子标记辅助选择利用新基因或与已知优良基因进行聚合对于培育优良的葡萄品种具有重要的意义。目前，葡萄已知的花性控制的区域主要在2号染色体的SEX-DETERMINING REGION(SDR)约5M的区域(Dalbó et al.，2000，Lowe and Walker，2006，Riaz et al.，2006，Marguerit et al.，2009，Battilana etal.， 2013)。控制雄花的基因主要有VviYABBY3和VviSKU5两个基因，从 TREHALOSE-6-PHOSPHATE PHOSPHATASE(TPP)到WRKY21，11个基因位于葡萄的雌花区域(Zou et al.，2020)。

本研究基于200K SNP芯片检测的单核苷酸多态性标记(Single nucleotidepolymorphisms，SNPs)，通过GWAS进行基因型与表型性状的相关性分析，筛选出与目标性状关联的SNPs标记，进而定位出与目标性状相关的候选基因。本申请发明人前期已成功完成了335份葡萄自然群体的重测序，以及463份4个F1群体(北红x ES7-11-49，北丰x烟73，北醇x康可的正反交群体)材料200K芯片的开发以及设计，获得了大量高质量SNPs，其中F1群体的SNPs可用于遗传图谱的构建，为葡萄种质资源的鉴定提供重要保障。本发明利用基于200K芯片的SNPs的GWAS分析，鉴定到控制葡萄花性别的候选基因CYP1(VIT_05s0094g01190)基因的自然变异与葡萄花性别高度关联。然后我们对该基因的显著相关的位点进行和性状的显著性分析发现，该位点的碱基类型和葡萄的花的性别呈显著相关。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与葡萄花性别关联的SNP位点及应用。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

与葡萄花性别关联的SNP位点，所述SNP位点位于葡萄参考基因组(PN40024，v2)5号染色体上第24,498,562位(chr5：24,498,562)，或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点，该位点的核苷酸碱基为“GG”、“TT”或“GT”，该位点位于基因的内含子区。

经过分析，找到了与葡萄花性别关联的基因为VIT_05s0094g01190，命名为CYP1。

本发明通过与葡萄花性别关联的SNP位点，可以辅助鉴定葡萄花性别，可以在早期预测和筛选葡萄的花性别。

本发明利用SNP(chr5：24,498,562)，对463份杂交群体以及335份自然群体的花性性状进行分型发现基因型为“GG”的材料共有130份，其中雌能花个体109个(84％)，其余21个样品为两性花，基因型为“TT”的材料共有321份，其中两性花个体312个(97％)，其中9个样品为雌能花，基因型为“GT”的材料共有236份，其中两性花个体214个(91％)，雌能花21个，雄花1个，这些结果说明，该SNP SNP(chr5：24,498,562)能较好的用来区分花的性别。

另外，本发明还保护与葡萄花性别关联的SNP位点在葡萄辅助育种中的应用，以及定位与葡萄花性别紧密连锁的基因方面的应用。