[发明专利]一种基于标记显性效应权重的玉米杂种优势群划分方法

权利要求书

1.一种基于标记显性效应权重的玉米杂种优势群划分方法，其特征在于，所述方法包括：

取玉米杂种优势群每个群代表性自交系3-4份，所有代表性玉米自交系双列杂交形成杂种群体；

代表性玉米自交系亲本利用SNP芯片进行基因型鉴定，获取单个SNP显性效应对杂种群体杂种优势的贡献值，作为该SNP的显性效应权重；

计算代表性玉米自交系间基于所有SNP标记权重显性效应的杂种优势遗传距离，建立玉米各优势群代表性自交系杂种优势遗传距离的指纹数据库；

获取待测玉米自交系SNP标记信息，计算待测自交系和杂优群代表性自交系之间的杂种优势遗传距离，结合代表性自交系杂种优势遗传距离进行聚类分析，判断杂种优势遗传距离的最小值是否在目标群代表性自交系阈值范围内，进而划分待测自交系的类群。

2.根据权利要求1所述的基于标记显性效应权重的玉米杂种优势群划分方法，其特征在于，所述取玉米杂种优势群每个群代表性自交系3-4份的步骤中，鉴定代表性自交系其杂种表型包括如下内容：

选取玉米杂种优势群代表性自交系3-4份，各杂种优势群代表性自交系为Reid-B73、Reid-PH6WC、Reid-铁7922、塘四平头-黄早四、塘四平头-昌7-2、塘四平头-郑22、旅大红骨-丹340、旅大红骨-郑22、Lancaster-Mo17、Lancaster-PH4CV、Lancaster-NK764、PA-掖478、PA-郑58、PB-齐319和PB-丹599；

自交系双列杂交形成多杂种群体，15个自交系部分双列杂交形成105个杂种，将杂种分别种植在新疆石河子、五家渠和伊犁进行产量、生育期、株高和穗位的两重复鉴定，对各个性状进行最佳线性无偏预测(BLUP)计算，用于后续分型。

3.根据权利要求1所述的基于标记显性效应权重的玉米杂种优势群划分方法，其特征在于，所述代表性玉米自交系亲本利用SNP芯片进行基因型鉴定，获取单个SNP显性效应对杂种群体杂种优势的贡献值，作为该SNP的显性效应权重的步骤中，计算单个SNP标记权重显性效应的内容如下：

代表性玉米自交系亲本利用SNP芯片进行基因型鉴定，15份代表性自交系利用Maize2K育种芯片进行基因型鉴定，对SNP标记进行质控，要求微效等位基因频率5％，位点缺失率20％，杂合率20％。

4.根据权利要求1所述的基于标记显性效应权重的玉米杂种优势群划分方法，其特征在于，获取单个SNP显性效应对杂种群体杂种表型的贡献值，其内容如下：

利用全基因组选择的贝叶斯法估算单个SNP的显性效应,预测模型为：

Y＝μ+Z_Aa+Z_Dd+e①，

其中Y表示杂种的性状，Z_A是SNP标记加性效应的设计矩阵a＝(a₁,…a_l),a为加性效应的的随机矩阵，Z_D是SNP标记显性效应的设计矩阵d＝(d₁,…d_l),d为显性效应的的随机矩阵，l是SNP的标记数，d_u是单个SNP的显性效应，其中u＝1,2,…,l，其中杂种的性状为产量性状、生育期性状和株型性状中的一种。

5.根据权利要求4所述的基于标记显性效应权重的玉米杂种优势群划分方法，其特征在于，单个SNP标记u的显性效应权重计算方法对应的公式为：

其中是所有SNP显性效应绝对值的平均值。