[发明专利]基于分子标记的用于肝癌筛查和风险预测的系统及应用

说明书

是本申请公开了基于分子标记的肝癌肿瘤筛查模型的建立方法，所述方法包括获得与肝癌关联的SNP数据集；基于数据集，筛选得到用于建模的SNPs，以作为模型变量；计算每一模型变量的不同基因型的相对风险值；以及基于相对风险值获得所述肿瘤筛查模型。本申请明公开了基于所述方法构建的肿瘤筛查模型的肝癌筛查、风险预测和/或诊断方法，以及相关的试剂盒、系统、装置、计算机可读存储介质和设备，实现了对各个分期的肝癌的早期准确筛查。

技术领域

本申请涉及基因检测技术领域，尤其涉及基于分子标记的用于肝癌 筛查和/或风险预测的系统。

背景技术

肝癌的一级预防为病因预防，传统的肝癌病因主要为病毒感染(乙肝 病毒、丙肝病毒)，黄曲霉毒素、微囊藻毒素暴露，嗜烟，酗酒等不良生 活习惯；目前发现非酒精性脂肪肝已成为发达国家肝癌的主要病因；另 外有研究发现糖尿病是肝癌发生的一个独立危险因素；而高BMI人群肝 癌的患病率比正常人高5倍。针对传统病因，国家己采取了相应的措施:2005年起乙肝疫苗己免费向所有新生儿接种；规范治疗后，慢性乙肝 可以得到有效的控制；慢性丙肝经过抗病毒治疗，HCV病毒可以被彻底 清除。

肝癌的三级预防主要指临床上治疗方法的改善以及新型药物的研 发。目前临床上常用的肝癌诊断方法为:结合临床症状，进行影像学检查， 包括超声、X线计算机断层成像(CT)、磁共振成像(MRI)、数字剪影血管 造影(DSA)和核医学影像方法(PET CT,SPECTCT)，必要时行肝脏穿刺活 检。这些应用于临床上的诊断方法，或灵敏度低或花费较大或具有创伤 性，难以满足人群早期筛查的需求。国际卫生组织推荐肝硬化患者每年 进行两次B超及AFP检查，以实现肝癌的早期诊断。但目前研究显示 AFP灵敏度较低，约40％的肝癌患者AFP水平并没有升高，尤其在早期 肝癌患者中此比例更高，欧洲肝癌研究协会(EASL)己不推荐AFP作为肝 癌的诊断指标[[19-211。超声作为一种影像学诊断方法，对医生技术水平 依赖性强；一次只能检查一个病人，效率较低:另外只有患者肿瘤体积累积 达到一定程度，才能被超声检测到；因此其诊断早期肝癌，尤其是小肝 癌的灵敏度较低。所以迫切需要寻找一种无创、易普及且适合肝癌早期 诊断的客观的肝癌肿瘤筛查方式。

发明内容

有鉴于此，本申请的目的在于，至少提供一种改进的肝癌筛查模型， 以实现无创、易普及且适合肝癌早期诊断方式。

第一方面，本申请实施例公开了基于分子标记的肝癌肿瘤筛查模型 的建立方法，包括：

获得与肝癌关联的SNP数据集；

基于所述数据集，筛选得到用于建模的SNPs，以作为模型变量；

计算每一模型变量的不同基因型的相对风险值；以及

基于所述相对风险值获得所述肿瘤筛查模型。

在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs的步骤具体包括：根 据每一SNP在不同染色体上的连锁不平衡分析结果，挑选较为SNP间距 在50Mb以内，并且连续分析的r20.9，以作为模型构建的SNP。

在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs的步骤后，还包括：

根据获得各个SNP在所述数据集中的单独效应，得到每一SNP位点 的对肝癌发生的单独效应值和表型参数；其中，所述单独效应值为单个 SNP的在所述数据集中患肝癌的统计概率；所述表型参数，为所述数据 集中，该单个SNP在单个个体遗传过程中的表型为显性遗传个体患肝癌 的统计频率；以及

利用Logistic回归分析计算单个个体的单独效应值进行校正、加权后 获得遗传分数；以及

根据所述单独效应值、表型参数和遗传分数，即可计算得到每个个 体的基于SNPs的肝癌加权风险筛查评分，根据所述肝癌加权风险筛查评 分即能判断每一个体的患癌风险。