[发明专利]利用麦类作物D基因组外显子捕获测序芯片鉴定节节麦衍生种质片段的方法

权利要求书

1.利用麦类作物D基因组外显子捕获测序芯片鉴定节节麦衍生种质片段的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤一：使用麦类D基因组泛基因外显子捕获测序芯片对衍生渐渗系材料的双亲以及衍生渐渗系材料进行捕获测序；衍生渐渗系材料的双亲为小麦亲本P1和节节麦亲本P2；

步骤二：将衍生渐渗系材料的小麦亲本P1的捕获测序数据和节节麦亲本P2的捕获测序数据比对到小麦参考基因组上，得到亲本差异位点文件；

步骤三：将衍生渐渗系材料的捕获测序数据比对到小麦的参考基因组上，得到衍生渐渗系材料差异位点文件；

步骤四：对亲本差异位点文件对渐渗系材料差异位点文件进行过滤，保留两个差异位点文件的交集，将交集文件作为外源渗入导致的差异位点集合文件；

步骤五：使用交集文件和亲本差异位点文件统计窗口内衍生渐渗系材料的外源渗入比例；

步骤六：使用渗入比例文件绘制点图，连续高渗入比例的区域界定为外源片段。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤二中，小麦参考基因组采用衍生渐渗系材料的小麦亲本作为参考基因组。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在分别将衍生渐渗系材料、衍生渐渗系材料的小麦亲本P1和节节麦亲本P2比对到小麦参考基因组上后，对于比对结果，采用Picard软件去除重复序列、重新进行Indel区域的比对和基线校正；然后采用GATK软件对衍生渐渗系的单个样本材料进行Variants Calling，得到衍生渐渗系材料差异位点文件；对亲本进行群体的Variants Calling；得到亲本差异位点文件。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤四中过滤时，对于亲本差异位点文件，保留两个亲本基因型纯和且两个亲本基因型不一致的位点；对于衍生渐渗系材料差异位点文件，保留基因型为杂合且杂合基因型中0和1的深度一致的位点。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤五中，使用BEDTOOLS软件获得基因组的100k窗口20k步长滑窗，分别统计交集文件和亲本差异位点文件在窗口内的位点数目，在同一窗口内，以亲本差异位点数为分母，交集差异位点数目为分子，获得衍生渐渗系材料的渗入比例。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤六中，将ratio＞0.2的渗入比例列为高渗入比例。