[发明专利]一种用于油橄榄品种鉴定的种质资源数据库及其构建方法和应用有效
申请号: | 202211132152.8 | 申请日: | 2022-09-16 |
公开(公告)号: | CN116072229B | 公开(公告)日: | 2023-10-20 |
发明(设计)人: | 曾艳飞;黄兰;张建国;闫鹏程 | 申请(专利权)人: | 中国林业科学研究院林业研究所 |
主分类号: | G16B50/30 | 分类号: | G16B50/30;G16B30/00;G16B25/20;G16B40/00;C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
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地址: | 100091 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 油橄榄 品种 鉴定 种质 资源 数据库 及其 构建 方法 应用 | ||
1.一种用于油橄榄品种鉴定的种质资源数据库,其包括利用序列表中SEQ ID NO:1-200所示的100对引物中的至少90对引物分别对52个油橄榄品种的DNA进行PCR扩增所获得的针对每一个油橄榄品种的至少90个位点的核苷酸序列数据;
其中所述52个油橄榄品种为:‘米提尼(Adramittini)’、‘阿托斯(Agiou Orous)’、‘阿戈尔(Amyglalolia)’、‘豆果(Arbequina)’、‘阿尔波萨娜(Arbosana)’、‘阿斯(Ascolana)’、‘巴尼亚(Barnea)’、‘贝拉(Berat)’、‘边克利拉(Biancolila)’、‘栾桂塔(Blanquette deGuelma)’、‘巴利奥(Borriol de Castellón)’、‘城固32号(Chenggu32)’‘城固53号(Chenggu53)’、‘德里达(Dritto)’、‘爱桑(Elbasan)’、‘安皮特(Empeltre)’、‘鄂植8号(Ezhi8)’、‘佛奥(Frantoio)’、‘科新佛奥(Frantoio de Corsini)’、‘果大尔(GordalSevillana)’、戈达尔(Gordal del Somontano)’、‘格洛桑(Gorossanne)’、‘格里昂(Grignan)’、‘贺吉(Hojiblanca)’、‘华欧9(Huaou9)’、‘卡拉蒙(Kalamon)’、‘孔色(Konservolia)’、‘科罗莱卡(Koroneiki)’、‘卡林(Kalinjot)’、‘拉多利亚优选1号(Ladolia Patron SI)’、‘拉多利亚优选2号(Ladolia Patron SII)’、‘莱星(Leccino)’、‘莱钦塞(Lechín de Sevilla)’、‘马拉凯(Manaki)’、‘小苹果(Manzanilla de Sevilla)’、‘拉巴塔小苹果(Manzanilla de labata)’、‘米扎(Mixaj)’、‘莫拉约罗(Moraiolo)’、‘莫里斯卡(Morisca)’、‘尼肖特(Nisiot)’、‘诺切阿纳(Nociara)’、‘奥托卡(Ottobratica)’、‘配多灵(Pendolino)’、‘皮削利(Picholine)’、‘皮瓜尔(Picual)’、‘皮苦多(Picudo)’、‘沙龙奎(Salonenque)’、“瓦拉(Valanolia)”、“胡耶特(Verdaledel Hérault)”、‘玉蝉44(Yuchan44)’、‘云台14(Yuntai14)’和‘云杂(Yunza)’。
2.根据权利要求1所述的所述的用于油橄榄品种鉴定的种质资源数据库,其包括利用序列表中SEQ ID NO:1-200所示的100对引物中的至少95对引物分别对52个油橄榄品种的DNA进行PCR扩增所获得的针对每一个油橄榄品种的至少95个位点的核苷酸序列数据。
3.根据权利要求1或2所述的所述的用于油橄榄品种鉴定的种质资源数据库,其包括利用序列表中SEQ ID NO:1-200所示的100对引物分别对52个油橄榄品种的DNA进行PCR扩增所获得的针对每一个油橄榄品种的100个位点的核苷酸序列数据。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的用于油橄榄品种鉴定的种质资源数据库的构建方法,其包括以下步骤:
1)利用序列表中SEQ ID NO:1-200所示的100对引物中的至少90对引物分别对52个油橄榄品种的DNA进行PCR扩增,得到若干PCR产物;
2)对步骤1)得到的若干PCR产物进行测序,得到针对每一个油橄榄品种的至少90个位点的核苷酸序列数据;
3)将步骤2)得到的针对每一个油橄榄品种的核苷酸序列数据合并到一个fasta格式文件中,得到分别对应52个油橄榄品种的fasta格式文件,将这些fasta格式文件作为用于油橄榄品种鉴定的种质资源数据库。
5.根据权利要求4所述的构建方法,其中在步骤1)中,所述PCR扩增的反应程序为:95℃4分钟预变性;98℃变性10秒,60℃退火15秒,72℃延伸45秒,以后每个循环温度降低0.5℃,共20个循环至退火温度降落到50℃;接着95℃4分钟预变性;98℃变性10秒,50℃退火15秒,72℃延伸45秒,循环12次,最后72℃延伸6分钟。
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