[发明专利]骨架变换模板数据库的建立方法、分子生成方法及装置在审
申请号: | 202211009540.7 | 申请日: | 2022-08-22 |
公开(公告)号: | CN115331749A | 公开(公告)日: | 2022-11-11 |
发明(设计)人: | 吉范阳;陈照强 | 申请(专利权)人: | 上海智药科技有限公司 |
主分类号: | G16C20/30 | 分类号: | G16C20/30;G16C20/70 |
代理公司: | 北京汇鑫君达知识产权代理有限公司 11769 | 代理人: | 刘湘菲 |
地址: | 200120 上海市浦东新区自*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 骨架 变换 模板 数据库 建立 方法 分子 生成 装置 | ||
1.一种骨架变换模板数据库的建立方法,其特征在于,包括:
获取样本先导化合物的骨架变换分子;
根据样本先导化合物及骨架变换分子,获取由任意两个不同分子组成的反应组合,其中,所述反应组合包括反应物和产物;
分别获取各个所述反应组合对应的化学反应模板,其中,所述化学反应模板包括反应物结构片段和对应的产物结构片段;
利用各所述化学反应模板,建立骨架变换模板数据库。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述根据样本先导化合物及骨架变换分子,获取由任意两个不同分子组成的反应组合,包括:
分别将同一样本先导化合物和对应的各骨架变换分子采用SMILES字符串进行表示,生成对应的字符串数据集;
分别将同一字符串数据集中的每两个分子按照预设格式进行关联,形成对应的反应组合,并获得反应组合数据集。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述分别获取各个所述反应组合对应的化学反应模板,包括:
在对应的所述反应组合中,分别将反应物的原子与产物的原子进行映射和编号,获得反应物和产物的映射编号数据集;
根据所述映射编号数据集,确定所述反应物中化学环境发生变化的原子;
以所述反应物中的化学环境发生变化的原子为反应中心,将所述反应中心以及距离所述反应中心在预设半径内的结构作为反应物结构片段,并获得在产物中对应的产物结构片段;
根据所述反应物结构片段和所述产物结构片段,生成对应的化学反应模板。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述将所述反应中心以及距离所述反应中心在预设半径内的结构作为反应物结构片段,包括:
若所述反应中心和/或距离所述反应中心在预设半径内的结构中包含位于第一目标基团的原子,则将所述反应中心、距离所述反应中心在预设半径内的结构以及所述第一目标基团作为反应物结构片段。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述根据所述反应物结构片段和所述产物结构片段,生成对应的化学反应模板,包括:
将所述反应物结构片段中的所述第一目标基团替换为第一预设基团,得到新的反应物结构片段;
利用所述新的反应物结构片段和所述产物结构片段,生成对应的化学反应模板。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:
若所述产物结构片段中包含第二目标基团,将所述第二目标基团替换为第二预设基团,得到新的产物结构片段;
所述利用所述新的反应物结构片段和所述产物结构片段,生成对应的化学反应模板,包括:
利用所述新的反应物结构片段和所述新的产物结构片段,生成对应的化学反应模板。
7.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述根据所述反应物结构片段和所述产物结构片段,生成对应的化学反应模板,包括:
若所述产物结构片段中包含第二目标基团,将所述第二目标基团替换为第二预设基团,得到新的产物结构片段;
利用所述反应物结构片段和所述新的产物结构片段,生成对应的化学反应模板。
8.一种骨架变换模板数据库,其特征在于,根据权利要求1至7任一项所述骨架变换模板数据库的建立方法构建获得。
9.一种分子生成方法,其特征在于,包括:
获取待优化的目标分子;
根据权利要求8所述的骨架变换模板数据库,获取与所述目标分子匹配的化学反应模板;
分别根据匹配的各所述化学反应模板,将所述目标分子生成对应的优化分子。
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