[发明专利]一种基于突变特征确定cfDNA组织来源的系统在审
申请号: | 202210941959.X | 申请日: | 2022-08-08 |
公开(公告)号: | CN115287357A | 公开(公告)日: | 2022-11-04 |
发明(设计)人: | 刘骁;冀树伸;黄超兰 | 申请(专利权)人: | 嘉兴金弗康医学检验实验室有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;G16B20/50 |
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地址: | 314300 浙江省嘉兴市海盐县武原街*** | 国省代码: | 浙江;33 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 突变 特征 确定 cfdna 组织 来源 系统 | ||
1.一种基于突变特征确定cfDNA组织来源的系统,其特征在于,具体包括:基于分子标签的cfDNA高通量靶向测序模块,靶基因突变特征分析模块和基于突变特征确定cfDNA组织来源的模块;
所述基于分子标签的cfDNA高通量靶向测序模块配置为提取血浆样本中cfDNA,添加分子标签并使用特异性探针从DNA文库中捕获包含靶基因选定的外显子区域的DNA片段,并对所述的DNA片段进行测序以获得所述靶基因外显子区域的序列信息;
所述靶基因突变特征分析模块为将所述序列信息通过分子标签进行分组生成来源于同一个DNA片段的reads序列即一致性序列(consensus),将所述一致性序列与人参考基因组序列信息进行比对,使用软件进行突变检测和突变注释,得到cfDNA靶基因外显子区域的突变特征;
所述基于突变特征确定cfDNA组织来源的模块分为以下几个步骤:
1)根据突变的染色体位置与正常人突变数据库,肿瘤病人突变数据进行检索和注释得到该突变在正常人数据库中的样本数量与携带率,该突变在肿瘤病人数据库中的样本数量;
2)对注释好的突变点进行过滤,剔除非体细胞或正常人可能携带的非肿瘤特异突变;
3)过滤后的突变点进一步筛选出阳性突变;
4)通过阳性突变点根据打分系统原则实现对组织部位的打分,按照打分排序,确定cfDNA的组织来源。
2.根据权利要求1所述的一种基于突变特征确定cfDNA组织来源的系统,其特征在于:所述基于突变特征确定cfDNA组织来源的模块中对注释好的突变点进行过滤的具体配置为满足以下条件的其中一条的突变点需要剔除掉:
(1)突变比例大于0.02的突变,可能为白细胞突变;
(2)在正常人突变数据库中样本数大于3的突变位点,可能为正常人携带的突变;
(3)在肿瘤病人突变数据库中样本数小于10的突变位点,可能为非肿瘤特异突变。
3.根据权利要求2所述的一种基于突变特征确定cfDNA组织来源的系统,其特征在于:所述基于突变特征确定cfDNA组织来源的模块中过滤后的突变点进一步筛选出阳性突变的具体配置为满足以下条件中其中一条的突变点为阳性突变点:
(1)检测到的总tag数大于等于3500,且突变tag数大于等于2;
(2)突变点检测到的总tag数小于3500,且突变tag数大于等于3;
(3)该突变在肿瘤突变数据库中的样本数大于150;
(4)在肿瘤突变数据库中的样本数大于100,且注释到的肿瘤有2条以上的突变点。
4.根据权利要求3所述的一种基于突变特征确定cfDNA组织来源的系统,其特征在于:所述基于突变特征确定cfDNA组织来源的模块中通过阳性突变点根据打分系统原则实现对组织部位的打分的具体配置为:
(1)每个组织部位的综合风险系数,作为组织癌变风险权重打分;
(2)每个组织部位的检测到的阳性突变在肿瘤突变数据库中样本数的加和,作为组织突变风险证据打分;
(3)每个组织部位检测到的阳性突变位点个数,作为组织突变比例打分;
(4)依次通过权重打分,证据打分,比例打分对组织部位进行从高到低的排序,并保留前三个组织部位检测到的阳性突变点。
5.根据权利要求4所述的一种基于突变特征确定cfDNA组织来源的系统,其特征在于:所述综合风险系数的具体配置为:
(1)特异突变t在肿瘤病人突变数据库中的案例数定义为m;
(2)组织部位a在肿瘤病人突变数据库中的案例数定义为M;
(3)中国人群的男性/女性的组织部位a的癌症百万人发病率定义为f;
(4)根据公式((m*1000000)/M)/f计算出组织部位a出现特异突变t可能的患癌风险c1;
(5)通过累加计算组织部位a出现所有特异突变可能的患癌风险,得到组织部位a的综合风险系数。
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