[发明专利]一种同时获取全基因组转录和蛋白-DNA结合信息的测序方法

权利要求书

1.一种同时获取全基因组转录和蛋白-DNA结合信息的测序方法，所述方法包括：

(1)分离待测样品组织，进行消化，得到细胞样品用于后续实验；

(2)将细胞样品进行裂解得到细胞裂解液，向细胞裂解液中加入预先用结合液清洗的ConA包被的磁珠，混匀并在室温孵育10～15min；

(3)结合在ConA磁珠上的细胞核利用pA-Tn5转座酶复合物进行抗体识别，构建蛋白-DNA组文库；

(4)未与ConA磁珠结合的上清转移至RNase-free的管中，低温离心去除基因组DNA后，构建转录组文库。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于步骤(2)中所述结合液组成如下：氯化钾0.5mM，亚精胺0.5mM，氯化锰2mM，PMSF 1mM，Triton X-100 0.5％，甘油20％，溶剂为20mMHEPES缓冲液。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于所述pA-Tn5转座酶复合物按如下方法制备：将Tn5转座子接头引物Tn5-A和Tn5-B分别与等量的5’端磷酸化引物Tn5rev寡核苷酸退火杂交，在95℃反应5min后降至25℃；将退火得到的Tn5-A、Tn5-B与pA-Tn5蛋白于室温混合0.5～h得到pA-Tn5转座酶复合物；

所述引物Tn5-A序列为：

5’-TCGTCGGCAGCGTCXXXXXXXXGCGATCGAGGACGGCAGATGTGTATAAGAGACAG-3’，其中XXXXXXXX代表细胞标签；

所述引物Tn5-B序列为：

5’-GTCTCGTGGGCTCGGXXXXXXXXCACCGTCTCCGCCTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3’，其中XXXXXXXX代表细胞标签；

所述5’端磷酸化引物Tn5rev序列为：

5’-CTGTCTCTTATACACATCT-3’。

4.如权利要求2所述的方法，其特征在于所述蛋白-DNA组文库按如下方法构建：样品DNA与上游引物、下游引物、2×高保真PCR酶混合后进行PCR扩增；向PCR扩增产物中加入核酸外切酶I，37℃孵育30min，80℃孵育20min后，将产物、通用引物、特异P7-T引物、水和2×高保真PCR酶预混液混合，进行PCR扩增；使用磁珠纯化产物DNA，室温孵育后醇洗、水洗脱，得到蛋白-DNA组文库；

所述上游引物序列为：

5’-CACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATC TTCGTCGGCAGCGTCTCCACGC-3’；

所述下游引物序列为：

5’-GACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGTCTCGTGGGCTCGGCTGTCCCTGT-3’；

所述通用引物序列为：

5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’；

所述特异P7-T引物序列为：

5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATXXXXXXXXGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’，其中XXXXXXXX代表index。

5.如权利要求2所述的方法，其特征在于所述转录组文库按如下方法构建：样品cDNA与上游引物、下游引物、2×高保真PCR酶混合进行PCR扩增；向PCR扩增产物中加入核酸外切酶I，37℃孵育30min，80℃孵育20min后，将产物、通用引物、特异P7-T引物、水和×高保真PCR酶预混液混合，进行PCR扩增；使用磁珠纯化产物DNA，室温孵育后醇洗、水洗脱，得到转录组文库；

所述上游引序列为：

5’-ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTTCGTCGGCAGCGTCTCCACGC-3’；

所述下游引序列为：

5’-GACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGTCTCGTGGGCTCGGCTGTCCCTGT-3’；

所述通用引物序列为：

5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’；

所述特异P7-T引物序列为：

5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATXXXXXXXXGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’，其中XXXXXXXX代表index。