[发明专利]一种检测单亲二倍体和杂合性缺失的方法、装置、存储介质和设备

权利要求书

1.一种以非疾病诊断为目的的检测单亲二倍体和杂合性缺失的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)对待测样本的测序数据进行变异检测，得到样本的变异信息文件；

(2)筛选样本的SNP位点；

(3)进行假设检验，所述假设检验包括单亲二倍体检测和杂合性缺失检测；

所述单亲二倍体检测包括：

根据遗传模式对筛选的SNP位点进行分类，进行滑窗，分别统计每个窗口下目标遗传模式的SNP位点数目；针对每个窗口，分别采用卡方拟合度检验判断观察到的比例与期望的比例之间是否存在差异；

所述杂合性缺失检测包括：

进行滑窗，分别统计每个窗口下纯合位点和杂合位点的个数及比例；针对每个窗口，分别采用卡方拟合度检验判断观察到的纯合位点和杂合位点的分布是否与期望的比例之间是否存在差异；

(4)采用环状二元分割算法进行区域合并；

(5)判断是否为单亲二倍体和/或杂合性缺失。

2.根据权利要求1所述的以非疾病诊断为目的的检测单亲二倍体和杂合性缺失的方法，其特征在于，所述筛选样本的SNP位点包括：

针对高通量测序数据，去除多于2个等位基因的SNP位点，保留基因型为杂合位点且AF值在0.30～0.8之间，测序深度在20以上，FILTER为PASS的SNP位点，以及保留基因型为纯合位点且AF值在0.85以上，测序深度在20以上，FILTER为PASS的SNP位点；

针对芯片检测数据，保留纯合SNP位点和杂合SNP位点。

3.根据权利要求1或2所述的以非疾病诊断为目的的检测单亲二倍体和杂合性缺失的方法，其特征在于，根据遗传模式对筛选的SNP位点进行分类的方法包括：

(1’)将符合双亲遗传模式的位点标记为BPI，只符合单亲遗传模式的位点标记为UPI，不符合遗传规律的位点标记为ME；

(2’)将符合双亲遗传模式的位点再进行分类，只符合双亲遗传模式的位点标记为BPI_O，既符合双亲遗传也符合单亲遗传的位点标记为BPI_B；

(3’)将符合单亲遗传模式的位点再进行分类，符合父源遗传但不能判断isoUPD还是hetUPD的位点标记为UPI_hP，符合父源isoUPD遗传模式的位点标记为UPI_iP；符合母源遗传但不能判断isoUPD还是hetUPD的位点标记为UPI_hM，符合母源isoUPD遗传模式的位点标记为UPI_iM；

(4’)将不符合遗传规律的位点再进行分类，一个等位基因不符合遗传规律的位点标记为ME_1，两个等位基因不符合遗传规律的位点标记为ME_2。

4.根据权利要求1-3任一项所述的以非疾病诊断为目的的检测单亲二倍体和杂合性缺失的方法，其特征在于，所述卡方拟合度检验的公式如公式(1)所示，其中A为实际值，T为理论值；

优选地，所述杂合性缺失检测还包括构建参考集的步骤；

优选地，所述参考集的构建方法包括以下步骤：

(3-1)分别选择男性样本和女性样本的变异检测文件；

(3-2)筛选样本的SNP位点；

(3-3)进行滑窗，分别统计每个窗口下杂合位点het和纯合位点non_ref_hom的个数，按公式(2)和公式(3)统计杂合位点比例Het_Ratio和纯合位点比例Hom_Ratio；