[发明专利]一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记及其应用

说明书

本发明公开了一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，所述DNA选择标记为基于水稻茎秆基部矮化控制基因dJH3017的InDel位点开发的、与矮杆表型完全连锁的标记，所述InDel位点位于水稻第二染色体16361797‑16361807。本发明还公开了一种试剂盒，其包含上述水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的引物组合。本发明还公开了一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记在(1)水稻茎秆基部矮化性状检测或鉴定中的应用；和/或(2)辅助水稻育种中的应用。本发明基于水稻基部矮化控制基因的InDel位点开发了相关的DNA选择标记及应用，在水稻矮杆育种、抗倒伏育种及高产育种中有重要利用价值。

技术领域

本发明涉及分子遗传育种领域，特别是涉及一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记及其应用。

背景技术

水稻矮杆基因可以使水稻株高降低，使水稻植株更不易倒伏，增加产量，是水稻的有利突变性状。始于20世纪中期的水稻绿色革命基因SD1的应用，水稻的株高得到显著的降低，部分解决了水稻高产与倒伏的矛盾。目前在我国杂交稻中，水稻矮源几乎都依赖于SD1，且随着越来越多的籼粳杂交水稻的推广。另外，在水稻实践发现，即使杂交水稻含有纯合的SD1基因，部分杂交稻组合的株高也过高，加上穗部的重量重，导致水稻倒伏和减产，使部分组合的株高过高的矛盾更加突出。近年来我国科学家克隆了一个控制水稻株高的半显性矮杆基因SBI(Shornted Basal Internodes)，部分丰富了水稻的矮源，更多水稻矮源的发现和利用可以为我国育种家提供多种选择，避免种质的单一化。因此，为了进一步拓宽水稻的矮源利用，挖掘新的矮杆基因资源、并基于此开发新的DNA选择标记，仍然是水稻分子遗传育种研究中的一个重要方向。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种基于新的水稻茎秆矮化控制基因dJH3017的InDel位点开发的、与矮杆表型完全连锁的分子标记及其应用，以方便和加快矮杆控制基因dJH3017导入到更多优良水稻品种中，实现该基因的有效利用。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

一方面，本发明提供了一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记，所述DNA选择标记为基于水稻茎秆基部矮化控制基因dJH3017的InDel位点开发的、与矮杆表型完全连锁的标记，所述InDel位点位于水稻第二染色体16361797-16361807。

作为本发明进一步地改进，所述DNA选择标记为InDel标记、KASP标记、PARMS标记、CAPS或dCAPS标记。

进一步地，所述InDel标记的PCR产物大小为50bp-10kb，优选50bp-1000bp，更优选100-200bp。

进一步地，所述DNA选择标记的引物组合为：

ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGAA；

ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。

另一方面，本发明还提供了一种试剂盒，包含上述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的引物组合。

再一方面，本发明还提供了一种上述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的应用，所述应用为：

(1)在水稻茎秆基部矮化性状检测或鉴定中的应用；

和/或(2)在辅助水稻育种中的应用。

进一步地，所述在辅助水稻育种中的应用为：鉴定是否将dJH3017基因的突变基因导入其他水稻品种中，所述突变基因在水稻第二染色体16361797-16361807缺失11位；所述水稻育种为：

(1)水稻矮杆育种；

和/或(2)水稻抗倒伏育种；

和/或(3)水稻高产育种。