[发明专利]小麦最大根长QTL QMrl.sau-3D连锁的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了小麦最大根长QTLQMrl.sau‑3D连锁的SNP分子标记及其应用，涉及小麦分子遗传育种领域。该SNP分子标记与QMrl.sau‑3D共定位于小麦基因组的3D染色体长臂上，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.16所示，所述SNP分子标记的36bp处存在C/T突变。本发明提供的SNP分子标记KASP‑Mrl‑sau1与小麦最大根长QTLQMrl.sau‑3D紧密连锁，能准确跟踪所述小麦最大根长QTLQMrl.sau‑3D，预测小麦的最大根长特性，能够显著提升对小麦最大根长的选择鉴定效率，能够迅速筛选出具有较长根长的小麦品种或品系，加快小麦分子遗传育种的进程。

技术领域

本发明涉及小麦分子遗传育种领域，特别是涉及小麦最大根长QTL QMrl.sau-3D连锁的SNP分子标记及其应用。

背景技术

普通小麦(Triticum aestivum L.)是最早驯化的谷物之一，因其具有更好的环境适应性、更丰富的营养和更高的产量潜力，被列为“三大”谷类作物，在世界各地广泛种植。由于人口增长和耕地面积的持续减少，小麦产量亟待提高，对小麦进行遗传改良是增产的主要手段之一。

根系是植物最重要的器官之一，在调节植物吸收水分和营养物质，以及植物体内物质的转化和运输中发挥关键作用。在根系相关性状的研究中，最大根长对于地上部的贡献是不可忽视的。最大根长的遗传改良可以促进小麦摄取土壤深层水分和养分的能力，从而增强小麦对干旱环境等逆境的适应性，进而获得最佳的籽粒产量。因此，鉴定控制小麦最大根长的遗传位点对于小麦分子遗传育种极其重要。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，具有数量多、分布广泛、在单个基因和整个基因组中分布不均匀以及SNP等位基因频率容易估计的优点，是当前遗传标记研究中最多，也是最有前景的分子标记。其中，55K SNP芯片、90K SNP芯片和660K SNP 等芯片在小麦中已被广泛运用。

竞争性等位基因特异性PCR技术(KompetitiveAllele Specific PCR，KASP)是由LGC公司(Laboratory ofthe Government Chemist)研发的具有低成本、高通量特点的新型基因分型技术，通过引物末端碱基的特异匹配来对SNP以及In Del位点进行精准的双等位基因分型，在水稻、小麦、大豆等作物的分子标记辅助选择中得到广泛应用。

近年来，在小麦的不同染色体上已经报道了许多与最大根长相关的QTL，但运用于实际的分子标记辅助育种却并不多。因此进一步鉴定到更具实用价值的最大根长 QTL或基因，利用分子生物学技术，选择适宜根系长度的小麦株系，最终达到选育增产小麦新品种的目的，在小麦育种工作中意义重大。

发明内容

本发明的目的是提供小麦最大根长QTL QMrl.sau-3D连锁的SNP分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明提供的SNP分子标记KASP-Mrl-sau1与小麦最大根长QTL QMrl.sau-3D紧密连锁，能准确跟踪所述小麦最大根长QTL QMrl.sau-3D，预测小麦的最大根长特性，能够显著提升对小麦最大根长的选择鉴定效率，能够迅速筛选出具有较长根长的小麦品种或品系用于育种，加快小麦分子遗传育种的进程。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种与小麦最大根长QTL QMrl.sau-3D连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记与QMrl.sau-3D共定位于小麦基因组的3D染色体长臂上，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示，所述SNP分子标记的36bp处存在C/T突变。

本发明还提供一种扩增上述的SNP分子标记的引物组合，所述引物组合包括如SEQ ID NO.1-2所示的两条特异性上游引物和如SEQ ID NO.3所示的一条通用下游引物。