[发明专利]LOC107984813在诊断、预测预后、治疗癌症中的应用

说明书

本发明属于生物医学领域，具体涉及LOC107984813在诊断、预测预后、治疗癌症中的应用。所述LOC107984813编码的短肽(CTCF‑AS)在癌症患者的样本中高表达，且CTCF‑AS高表达的患者相对于低表达的患者的预后更差。具体地，所述癌症包括食管癌和乳腺癌。

技术领域

本发明属于生物医学领域，具体涉及LOC107984813在诊断、预测预后、治疗癌症中的应用。

背景技术

关于ncRNA的功能研究正处于学术领域的快速增长期，绝大部分ncRNA转录本的功能还未破解。以ncRNA中的主要成分lncRNA为例，目前大部分对于lncRNA的定义还是基于对mRNA编码框的特征性结构的认识基础上的。如与mRNA相比，lncRNA的转录本长度区间大，外显子数目、表达水平和序列保守性通常较低，而组织特异性高等，但这些特征差异都是相对的。实际上，目前仅是用已知的蛋白编码mRNA的一些特征来定义ncRNA，主要标准有开放阅读框完整性、长度、质量，已知蛋白编码序列相似性等。实际上，2015年2月发表在《Cell》杂志上的一篇文章已经证明lncRNA可以以编码功能蛋白的方式进行精确的时空特异性生物进程调控。

随着ncRNA不编码论的退场，我们可以合理地推断，在当前所注释的编码与ncRNA之间存在着一段相当宽的模糊区域，处于这段区域中的所谓ncRNA有一部分可能是可以编码具有重要功能的蛋白分子的。但是，目前生物信息学在ncRNA分析和预测方面尚不成熟，缺少可靠的生物学模型和工具把“真正的ncRNA”(随着科学的进展，这个概念可能也是相对的)和由于认识缺陷而注释为ncRNA的潜在编码RNA区别开来鉴别并认识这些具有潜在编码功能的ncRNA不但是ncRNA科学领域亟需解决的理论问题，也是个体ncRNA分子功能研究中必需考虑到的问题(即ncRNA分子对其他分子的调节功能研究中必须排除功能性小蛋白产物的存在)。在这一思路指导下的研究成果至少会将目前所注释的相当一部分ncRNA重新注释为双功能性RNA(bifunctional RNAs)(即RNA既有编码功能也有非编码功能)。遗憾的是，除了单基因的分子生物学验证，目前尚无法通过现有理论下设计的生物信息学方法准确预测哪些是真正的“ncRNA”，哪些是“具有编码功能的ncRNA”(虽然生物信息学能够找到序列中的潜在ORF，但不能确认这些ORF是否编码，而且也会漏掉含有已知ORF编码系统以外的潜在编码系统的RNA。

因此，如果建立一个能够发现与鉴别ncRNA是否具有潜在编码功能的实验方法与重注释模型，将十分有助于澄清当前ncRNA研究领域的底层科学问题，为后续ncRNA的编码与非编码功能研究提供更多的线索与思路。