[发明专利]一种基于CNN网络的DPCR液滴荧光检测方法有效
| 申请号: | 202210544715.8 | 申请日: | 2022-05-19 |
| 公开(公告)号: | CN114648529B | 公开(公告)日: | 2022-09-23 |
| 发明(设计)人: | 赵赛赛;梁业兴;陈东伟 | 申请(专利权)人: | 深圳市中科先见医疗科技有限公司 |
| 主分类号: | G06T7/00 | 分类号: | G06T7/00;G06T7/13;G06T7/155;G06T7/11;G06T5/00;G06T5/30;G06V10/80;G06V10/82;G06K9/62;G06N3/04;G06N3/08 |
| 代理公司: | 广东广和律师事务所 44298 | 代理人: | 刘敏 |
| 地址: | 518000 广东省深圳市龙岗区*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 基于 cnn 网络 dpcr 荧光 检测 方法 | ||
1.一种基于CNN网络的DPCR液滴荧光检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
采用光学设备采集液滴图像和液滴荧光图像;
收集液滴图像数据,并将收集到的液滴图像数据按照一定的比例划分成训练集、测试集;
搭建及训练ResUnet++网络模型,并将训练好的ResUnet++网络模型对液滴图像进行分割;
对分割出来的Mask图像进行形态学处理去除小对像的干扰,生成液滴轮廓图像;
搭建及训练荧光液滴辨识网络模型,并将训练好的荧光液滴辨识网络模型对液滴荧光图像进行阳性、阴性的识别;
训练ResUnet++网络模型包括:
将训练集的液滴图像转换成Mask图像;
将液滴图像的RGB值和Mask图像作为ResUnet++网络模型的输入数据;
采用分批次的方法对ResUnet+++网络模型使用训练集数据进行训练;
所述训练所用的损失函数为交叉熵损失函数;
在训练之前设定基础学习率和权重衰减值;
计算训练过程中Mask图像中真实值和预测值的交叉商值,并采用自适应矩估计梯度下降法进行优化及反向传播更新参数;
采用收集好的测试集图像数据对ResUnet++网络模型进行效果测试,当相似度IOU0.97时,将该训练好的ResUnet++网络模型用于分割液滴图像;
所述ResUnet++网络模型包括:
在Unet网络模型向下采样和向上采样进行特征提取的过程中,将卷积层加Relu层的特征提取模块替换成残差模块,在残差模块的每一个卷积层后面加入一个BN层,BN层后面再加入一个Scale层;
下采样层和上采样层的数量都有5个加深到7个,7个下采样层输出的特征数据分别与7个上采样层输出的特征数据进行拼接融合;
所述对分割出来的Mask图像进行形态学处理去除干扰,生成液滴轮廓图像包括:
使用Opencv中的getStructuringElement()函数,选择开运算模式创建一个10*10算子,并返回指定变量;
使用Opencv中的erode()函数通过返回的指定变量来实现对Mask图像的侵蚀,从而达到去除干扰的目的;
使用Opencv中的dilate()函数,创建一个11*11的算子进行形态学膨胀,使Mask图像恢复原来大小;
使用Opencv中的Robert算子提取Mask图像的边缘图像,并通过二值化算法对形成的边缘图像进行增强,从而形成完整的液滴轮廓图像。
2.根据权利要求1所述的基于CNN网络的DPCR液滴荧光检测方法,其特征在于,每个所述下采样层都包括4个卷积层、1个池化层、2个BN层及2个Scale层,每个所述卷积层的卷积核大小为5*5,所述池化层的卷积核大小为2*2,每个所述卷积层的卷积核的数量分别为32、64、128、128、128、128、128;
每个所述上采样层都包括1个上采样反卷积层、4个卷积层、4个BN层及4个Scale层,所述上采样反卷积层的卷积核大小为2*2,每个所述卷积层的卷积核的大小为5*5,每个所述上采样反卷积层的卷积核的数量分别为128、128、128、128、128、64、32。
3.根据权利要求2所述的基于CNN网络的DPCR液滴荧光检测方法,其特征在于,所述Unet网络模型在上采样进行反卷积操作之前,还有4个卷积核大小均为5*5的卷积层;
所述Unet网络模型在下采样进行至最后一个池化层之前加入一个Dropout层;
所述Unet网络模型在首次进行上采样之前加入一个Dropout层;
Relu层使用的激活函数为Relu函数。
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